Bonjour, cela fait presque 24h que j'ai lancé un xcms.group mais celui-ci est toujours en attente. Y a-t-il un soucis ou de nouveau un engorgement au niveau des jobs longs ?
Merci, Céline
Bonjour Céline,
Notre hébergeur doit procéder à un arrêt électrique:
Du coup, les jobs qui tourneraient encore ce vendredi 2 (ce qui est souvent le cas des jobs longs), ne sont pas lancés (puisque dans tous les cas ils seraient interrompus le 2).
Il va donc falloir attendre quelques jours (le 5/02 en soirée).
Désolé pour ces désagréments que nous subissons également.
Plus d'infos: Jobs PENDING depuis plusieurs jours - #3 par dbenaben
Re-bonjour,
j'avais vu l'info pour l'arrêt total en fin de semaine mais je ne pensais pas que ces jobs ne seraient pas lancés ces jours-ci.
Je vais patienter, merci.
Céline
Bonjour,
Je sais que normalement c'est un problème = un ticket, mais quand même je m’interroge depuis un moment.
Il est fait mention ici de jobs qui tourneraient encore ce vendredi 2, et dans le ticket Jobs PENDING depuis plusieurs jours - #3 par dbenaben on parle quand même de jobs potentiellement de 30j de temps d'exécution.
Sauf qu'un outil comme xcms.group, je peux le dire pour avoir fait des tests sur des datasets de gros nombres d'échantillons avec des paramètres testés volontairement plus ou moins généreux, et on n'est pas sur ce pas de temps. Si l'outil met 2h à tourner on est déjà sur du gros gros travaux (je ne l'ai atteint que 2 fois sur tous les tests), en général c'est plutôt du 15 à 45 min (voire moins évidemment pour des petites séries ou des paramétrages optimisés).
Du coup, je suis perplexe ?
Mélanie
Les jobs "xcms" via galaxy semblent configurés pour durer max 7j (cf ci-dessous les jobs "pending")
C'est donc bien la réservation (pour cause d'interruption de service) qui bloque ces jobs.
A vous de voir s'il faut réduire ce temps (Timelimit) par défaut pour les outils xcms.
$ sacct -s pending --format=JobID%10,JobName%30,Account,Partition,Submit,Timelimit%15,ReqCPUS,ReqMem,State%10,Reason -u galaxy
JobID JobName Account Partition Submit Timelimit ReqCPUS ReqMem State Reason
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