Jupyter hub - install R packages

IFB Core Cluster Support IFB Core Cluster
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Bonjour,

j'utilise le jupyter hub pour faire une analyse avec R (et un rapport html qui va avec) sur des données. J'ai besoin d'installer des packages qui ne sont pas disponibles dans l'environnement de base. J'ai utilisé

install.packages("lsr")

puis rédemarrer le kernel et ça m'a bien permis de le charger (library(lsr))

mais quand j'essaie d'installer le package "ggcorrplot", j'obtiens l'erreur suivante :

Installing package into ‘/shared/ifbstor1/home/ldoridot/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.0’
(as ‘lib’ is unspecified)

also installing the dependencies ‘cli’, ‘lifecycle’, ‘rlang’, ‘vctrs’, ‘ggplot2’


Warning message in install.packages("ggcorrplot"):
“installation of package ‘cli’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("ggcorrplot"):
“installation of package ‘rlang’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("ggcorrplot"):
“installation of package ‘lifecycle’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("ggcorrplot"):
“installation of package ‘vctrs’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("ggcorrplot"):
“installation of package ‘ggplot2’ had non-zero exit status”
Warning message in install.packages("ggcorrplot"):
“installation of package ‘ggcorrplot’ had non-zero exit status”

En cherchant, je crois que c'est peut être un problème de compatibilité des versions des dépendances. Mais je ne sais pas trop comment régler le problème, ni s'il y a une procédure particulière à suivre pour installer des packages sur le jupyter hub...

Voici ma sessionInfo():

R version 4.0.3 (2020-10-10)
Platform: x86_64-conda-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS Linux 7 (Core)

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.0.3/lib/libopenblasp-r0.3.10.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] fansi_1.0.3     crayon_1.4.2    digest_0.6.28   utf8_1.2.2     
 [5] IRdisplay_1.0   repr_1.1.3      lifecycle_1.0.1 jsonlite_1.7.2 
 [9] evaluate_0.14   pillar_1.8.1    rlang_1.0.4     cli_3.3.0      
[13] uuid_1.0-3      vctrs_0.4.1     IRkernel_1.2    tools_4.0.3    
[17] glue_1.6.2      fastmap_1.1.0   compiler_4.0.3  base64enc_0.1-3
[21] pbdZMQ_0.3-6    htmltools_0.5.2

Merci pour les indications que vous pourrait m'indiquer :slight_smile:

Bonne journée,
Ludivine

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Bonjour Ludivine,

Les packages lsr et ggcorrplot sont maintenant disponibles pour R 4.2.3:

> library(lsr)
> library(ggcorrplot)
Loading required package: ggplot2
>

Bonnes analyses :slight_smile:

Arthur

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Bonjour

Désolé si ce n'est pas le bon endroit pour cette demande mais je ne voulais pas créer un autre sujet comme celui-ci.
J'installe également certains paquets R, mais il y en a un qui me donne un message zero status. ce le paquet RTN - Bioconductor et ses dependencies

Bioconductor version 3.12 (BiocManager 1.30.16), R 4.0.3 (2020-10-10)

Installing package(s) 'RTN'

also installing the dependencies ‘infotheo’, ‘minet’


Warning message in .inet_warning(msg):
“installation of package ‘infotheo’ had non-zero exit status”
Warning message in .inet_warning(msg):
“installation of package ‘minet’ had non-zero exit status”
Warning message in .inet_warning(msg):
“installation of package ‘RTN’ had non-zero exit status”
Installation paths not writeable, unable to update packages
  path: /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.0.3/lib/R/library

Merci par avance pour l'aide que vous pourrez m'apporter.

Bien cordialement,
Gloria.

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R essaie d'installer en global mais vous n'avez pas les droits. Vous pouvez faire une demande pour une installation globale (sur ce forum, faire un nouveau post), ou l'installer dans votre home. Pour cela, je vous conseille d'utiliser plutôt le terminal, faire un module load r/4.2.3, lancer R, puis lancer vos installations.

Cordialement,

Magali

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Merci Mag pour votre aide.
J'ai essayé d'installer mes paquets sur le terminal. Apparemment tout s'est bien passé, mais quand j'ai voulu les utiliser dans Jupyter,hub ils ne se sont pas chargés et j'ai eu la même erreur. J'ai vérifié avec installed.packages et je ne les ai pas trouvés. Je vais faire la demande d'installation globale.

Cordialement,

Gloria

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Il faut vérifier où ont été installés les paquets et ajouter le path une fois dans Jupyter Hub avec la commande .libPaths().

> .libPaths()

liste les paths où sont cherchés les paquets installés.

> .libPaths("/shared/ifbstor1/home/USERNAME/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.2")

pour ajouter un path local.