Kraken2 - librairie manquenate

IFB Core Cluster
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Bonjour,

J'essaye d'utiliser Kraken2.

$ module list
Currently Loaded Modulefiles:

  1. kraken2/2.0.9beta

La commande kraken2-build échoue avec l’erreur suivante :

kraken2-build --download-taxonomy --db out/krakendb
Downloading nucleotide gb accession to taxon map...rsync: error while loading shared libraries: libiconv.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory

Quelqu’un aurait-il une solution ?

Merci beaucoup !

2

Je l'ai installé dans mon ~ avec conda. Ça a l'air de fonctionner.

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@team.software je reproduis bien le problème en chargeant le module

$ module load kraken2/2.0.9beta 
$ kraken2-build --download-taxonomy --db out/krakendb
Downloading nucleotide gb accession to taxon map...rsync: error while loading shared libraries: libiconv.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory

Mais pas en recréant le même environnement...

$ conda env create -f env.yml
$ conda activate kraken2-2.0.9beta
$ kraken2-build --download-taxonomy --db out/krakendb 
Downloading nucleotide gb accession to taxon map...

Une idée ?

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@dbenaben On peut tenter le remove.hook dans tools ?
Ainsi, il supprime l'env avant de le recréer