Bonjour,
J’ai récemment fait la demande pour avoir accès au cluster de l’IFB pour utiliser alphafold2.
En suivant les informations de la page :
AlphaFold2 - IFB Core Cluster Documentation (ifb-elixirfr.gitlab.io)
J’ai créé mon script comme indiqué :
#!/bin/bash
#SBATCH -p gpu
#SBATCH --gres=gpu:3g.20gb:1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem=50G
#SBATCH --job-name=test_monomer
#SBATCH -o %x.o%j
#SBATCH -t 24:0:0
module load alphafold/2.3.2
run_alphafold.sh \
--fasta_paths=PREEMPT_23.fasta \
--output_dir=/shared/projects/discofunction/PREEMPT_23 \
--data_dir=/shared/bank/alphafold2/current \
--db_preset=full_dbs \
--model_preset=monomer_ptm \
--models_to_relax=best \
--use_gpu_relax=true \
--max_template_date=2023-07-11 \
--use_precomputed_msas=false \
--uniref90_database_path=/shared/bank/alphafold2/current/uniref90/uniref90.fasta \
--mgnify_database_path=/shared/bank/alphafold2/current/mgnify/mgy_clusters_2022_05.fa \
--template_mmcif_dir=/shared/bank/alphafold2/current/pdb_mmcif/mmcif_files \
--obsolete_pdbs_path=/shared/bank/alphafold2/current/pdb_mmcif/obsolete.dat \
--bfd_database_path=/shared/bank/alphafold2/current/bfd/bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt \
--pdb70_database_path=/shared/bank/alphafold2/current/pdb70/pdb70 \
--uniref30_database_path=/shared/bank/alphafold2/current/uniref30/UniRef30_2021_03
Lorsque je veux ensuite lancer mon script j’obtiens le message d’erreur suivant:
[tdestanque@core-login1 ~]$ sbatch -A discofunction my_fold.sh
sbatch: error: Batch job submission failed: Invalid account or account/partition combination specified
En fouillant la doc, je vois qu’il faut que je demande l’accès aux nœuds de calcul comportant des GPU. S’agit t il bien du problème que je rencontre ? Pouvez-vous me donner accès à ces nœuds pour ce projet ?
En vous remerciant par avance,
Cordialement,
Thibault Destanque