Bonjour, Je suis un nouvel utilisateur de Galaxy.
Suite à une super formation à Roscoff j'essaye d'assembler un génome en utilisant Flye avec des fastq de Minion ONT. Malheureusement ça plante à chaque fois avec le message d'erreur suivant : "This job was terminated because it used more memory than it was allocated." En cliquant sur l'icone du bug, j'ai un autre message : "The tool was executed with one or more duplicate input datasets. This frequently results in tool errors due to problematic input choices. ". Du coup ces deux informations sont contradictoires.
J'ai lu sur le forum que mon job a pu consommé plus de RAM que ce qui est autorisé, mais c'est une donnée que je ne maîtrise pas.. J'ai chargé environ 39 Gb de fasq pour faire un essai de l'outil (39% de mon quota mémoire), mais en vrai j'en aurais 2-3 fois plus à charger pour mon projet d'assemblage (génome de plante, environ 1.2 Gbases). Du coup, est-il possible d'augmenter la RAM alloué ou bien mon projet est trop volumineux pour être traité sur GALAXY.FR ?
En vous remerciant par avance.
Bonjour Benoit !
Je viens d'augmenter les ressources allouées à Flye, est-ce que tu peux essayer de le relancer ?
Anthony
Bonjour Anthony,
Super, je viens de relancer, je te tiens au courant.. Ceci est un test avec des donnés partielles. A Terme (quand le basecalling en sup sera terminé pour mes 2 autres puces) j'aurais voulu tenter de faire tourner avec toutes mes données (environ 80-90 Gb au lieu de 40 actuellement). Faudra-t-il que je demande un peu plus d'espace de stockage ? Et éventuellement de la RAM pour Flye ?
Merci Encore !
Benoît
Bonjour, Le job a replanté mais n'indique pas un problème de RAM: "This job failed for reasons that could not be determined" et en cliquant sur l'icon bug je retrouve "The tool was executed with one or more duplicate input datasets. This frequently results in tool errors due to problematic input choices." Pourtant j'utilise un fichier de fastq concaténés après basecall.
Bonjour,
Flye n'a pas réussi à terminer, pourtant j'avais cette fois utilisé l'option "Reduced contig assembly coverage" pour réduire l'utilisation de la RAM, même message d'erreur : This job was terminated because it ran longer than the maximum allowed job run time.
Est-il possible d'augmenter encore la RAM pour cette outil ou bien mon projet n'est peut être pas adapté ici ?
Par ailleurs serait-il possible d'augmenter mon espace mémoire, je vais tenter avec un autre jeu de données et tenter d'autres approches.
Merci par avance.
Benoît
Bonjour,
Désolé je n'avais pas vu tes réponses...
Je viens de modifier la configuration pour que flye puisse tourner plus longtemps. Je ne suis pas 100% sûr que ce soit assez, il va falloir tâtonner un peu en fonction du résultat (ou de l'erreur) que tu vas avoir (pareil pour l'utilisation mémoire et la taille de ton quota). Mais on va y arriver !
Anthony