Bonjour,
j'utilise un pipeline snakemake que je lance à partir d'un environnement conda privé (dd_ont_pipeline), ce qui fonctionne sans aucun soucis.
Je rencontre néanmoins un problème concernant une librairie python bien spécifique (pyfastx) dont j'ai besoin pour certains scripts python. Cette librairie est bien installée dans mon environnement conda (testé via pip install et conda install) et lorsque je lance python depuis le terminal je peux faire import pyfastx sans soucis. Cependant lorsque mon pipeline snakemake lance mon script python, à ce moment là la ligne import pyfastx retourne une erreur : ModuleNotFoundError: No module named 'pyfastx'.
Je précise que toutes les autres librairies ont étés installées de la même manière et aucunes ne me retourne d'erreur, seulement celle ci.
J'ai aussi testé de l'installer dans un 2nd environnement conda, que je spécifie directement dans la "rule snakemake" via la directive conda pour qu'il utilise le script avec ce 2nd environnement, mais cela me retourne la même erreur.
Je ne comprends pas pourquoi toutes mes autres librairies sont trouvées mais pas celle là ? Toute aide est la bienvenue.
Merci par avance.