Libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.29' not found pandas python3.12

IFB Core Cluster
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Hello la team :sweat_smile:!!

J'ai un problème avec le chargement des pandas :panda_face:sur la version 3.12 de python :snake:sur le cluster ...

module load python/3.12
python3 --version
Python 3.12.4

à priori une lib GCC qui ne pointe pas où il faut?

$ python3
Python 3.12.4 | packaged by conda-forge | (main, Jun 17 2024, 10:23:07) [GCC 12.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pandas as pd
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/python-3.12/lib/python3.12/site-packages/pandas/__init__.py", line 49, in <module>
    from pandas.core.api import (
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/python-3.12/lib/python3.12/site-packages/pandas/core/api.py", line 47, in <module>
    from pandas.core.groupby import (
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/python-3.12/lib/python3.12/site-packages/pandas/core/groupby/__init__.py", line 1, in <module>
    from pandas.core.groupby.generic import (
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/python-3.12/lib/python3.12/site-packages/pandas/core/groupby/generic.py", line 68, in <module>
    from pandas.core.frame import DataFrame
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/python-3.12/lib/python3.12/site-packages/pandas/core/frame.py", line 149, in <module>
    from pandas.core.generic import (
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/python-3.12/lib/python3.12/site-packages/pandas/core/generic.py", line 193, in <module>
    from pandas.core.window import (
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/python-3.12/lib/python3.12/site-packages/pandas/core/window/__init__.py", line 1, in <module>
    from pandas.core.window.ewm import (
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/python-3.12/lib/python3.12/site-packages/pandas/core/window/ewm.py", line 11, in <module>
    import pandas._libs.window.aggregations as window_aggregations
ImportError: /lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.29' not found (required by /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/python-3.12/lib/python3.12/site-packages/pandas/_libs/window/aggregations.cpython-312-x86_64-linux-gnu.so)
>>>

Merci !
Julie

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Bonjour Julie,

Le chargement de pandas avec python/3.12 fonctionne bien.

Il y a je pense un conflit avec un paquet installé localement dans votre home (.local/lib/python3.12/site-packages).
Il faut donc faire un peu de ménage (vous pouvez essayer en supprimant/déplaçant le dossier .local/lib/python3.12, ce qui a pour effet de supprimer les paquets que vous avez installés pour cette version de python).

Dites-nous ce qu'il en est

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Bonjour,

Merci j'ai déplacé le dossier et ça marche, c'est bizarre :upside_down_face:! j'avais aussi fait un python3 -m pip uninstall pandas et rm les dossier pandas* dans le ~/.local/lib/python3.12/site-packages ...

Julie