Bonjour,
Je souhaite utilisé Braker3 qui utilise la licence GeneMark. J'ai téléchargé cette dernière (GeneMark-ES/ET/EP+ ver 4.73_lic) pour LINUX 64 kernel 3.10-5. Néanmoins, j'ai eu le message d'erreur suivant:
Loading braker3/3.0.3
Loading requirement: singularity
ERROR in file /opt/BRAKER/scripts/braker.pl at line 5227
Failed to execute: /usr/bin/perl /opt/ETP/bin/gmes//gmes_petap.pl --verbose --sequence=/shared/projects/pyricularia_oryzae/Braker_struct_annot/braker/genome.fa --ET=/shared/projects/pyricularia_oryzae/Braker_struct_annot/braker/genemark_hintsfile.gff --cores=8 --gc_donor 0.001 --fungus --soft_mask auto 1>/shared/projects/pyricularia_oryzae/Braker_struct_annot/braker/GeneMark-ET.stdout 2>/shared/projects/pyricularia_oryzae/Braker_struct_annot/braker/errors/GeneMark-ET.stderr
Failed to execute: /usr/bin/perl /opt/ETP/bin/gmes//gmes_petap.pl --verbose --sequence=/shared/projects/pyricularia_oryzae/Braker_struct_annot/braker/genome.fa --ET=/shared/projects/pyricularia_oryzae/Braker_struct_annot/braker/genemark_hintsfile.gff --cores=8 --gc_donor 0.001 --fungus --soft_mask auto 1>/shared/projects/pyricularia_oryzae/Braker_struct_annot/braker/GeneMark-ET.stdout 2>/shared/projects/pyricularia_oryzae/Braker_struct_annot/braker/errors/GeneMark-ET.stderr
The most common problem is an expired or not present file \~/.gm_key!
Or, le fichier ~/.gm_key est à la fois présent et à jour (installé hier). Je suspecte que la licence de GeneMark est obsolète pour le kernel utilisé par le cluster de l'IFB: ce dernier est à la version 6.8 (résultat de "uname -r" -> 6.8.0-85-generic) tandis que la licence est disponible pour les kernels 3.10-5 et je n'ai pas trouvé de licence pour un kernel plus récent. Est-ce que d'autres utilisateurs de l'IFB ont le même problème ?
Bonne journée,
PM