Bonjour,
j'espère que vous allez bien.
J'ai une question a propos le MAPQ.
En effet, j'ai fait un alignement des données bulk rnaseq du géome bactérien avec bowtie2. et pour vérifier la qualité de mes reads, j'ai lancé samtools view et j'ai constaté qu'il y'a des MAPQ de zéro à 42. c'est conseillé d'éliminer les reads de faible mapq? dans l'affirmative quel est le seuil approprié! merci