Mast library Error

Bonjour
J'ai l'habitude d'utiliser MAST pour faire mon FindMarkers avec Seurat, car il me permet d'utiliser l'option latent.vars pour prendre en compte mon batch effect lors de mon analyse différentielle d'expression des gènes.
FindMarkers(myseuratobject,
assay = 'RNA',
ident.1 = "PR",
ident.2 = "SD",
test.use = "MAST",
latent.vars="Patient")
Mais depuis le début de la semaine j'ai un messgae d'erreur :"Error: $ operator is invalid for atomic vectors"
Je l'ai relancé sur des datasets qui fonctionnaient jusqu'à la semaine dernière.
Est ce que qq'un a fait la même observation? Est ce qu'il y a une mise à jour de MAST à faire?
Merci de votre aide
Isabelle

Bonjour Isabelle,

L'environnement R a été mis à jours en v4.1.1 il y a environ 1 mois et quelques paquets ajoutés dans l'environnement il y a 3 semaines (Blame · tools/r/4.1.1/env.yml · master · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab) mais pas de changements depuis.

Comment utilisez-vous R (via le cluster, via le serveur RStudio, via JupyterHUB ?) et quelle version utilisez-vous ?
N'avez-vous pas installé des paquets dans votre environnement entre les deux analyses ?
Il y a peut-être d'autres pistes mais cela sort de mon champ de compétence :slight_smile:

Bonjour,

oui peut-être faire le ménage en supprimant le répertoire R sur votre compte.

peut-être aussi qu'on peux essayer d'installer MAST dans les packages partagés du cluster.

Merci j'avais envisager cette demande effectivement. la library MAST est vraiment un bon compromis pour faire de l'analyse d'expression de gène sur des datasets intégrés :wink:

Bonjour
j'ai essayé sur le rstudio et via le cluster. Je travaille sur la version R version 4.1.1 (2021-08-10) et je vais essayer de réinstaller MAST.
Merci de votre aide
:wink: