Hi,
Would it be possible to install masurca v. 4.0.3 ?
Thank you for your help,
Héloïse
Bonjour,
L'installation de la version 4.0.7 est en cours : Add Masurca 4.0.7 (!718) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab
C'est la version la plus récente disponible. Est-ce que cela conviendra ?
Loraine
Ça ira très bien, merci
L'outil en version 4.0.7 est disponible sur le cluster de l'IFB, avec module load masurca
Bonne fin de journée,
Loraine
Bonjour,
Je n'ai pas réussi à faire tourner jusqu'au bout Masurca 4.0.7. Voici la fin de mon nohup:
Pre-correcting long reads
Failed to pre-correct long reads, please check your input files EL8.fastq and pe.cor.fa and the other parameters
Failed to pre-correct EL8.fastq file, please check your data!
mega-reads exited before assembly
J'ai essayé sur deux jeux de données, et j'ai eu le même soucis. J'ai bien vérifié les chemins et paramètres, il semblerait qu'il faille installer numactl Masurca. Failed to pre-correct Nanopore data, please check your data!. Pourriez vous l'installer en espérant que ça règle le problème ?
Merci,
Héloïse
Bonjour Héloise,
Cette erreur semble être récurrente en effet : https://github.com/alekseyzimin/masurca/issues?q=is%3Aissue+Failed+to+pre-correct+long+reads
Aurais-tu un fichier d'erreur du type create_mega-reads.err ? y a t-il un message du type command numactl not found dedans ?
J'ai lancé l'installation de la version 4.0.8 : Add Masurca 4.0.8 (!731) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab
Si cela ne fonctionne pas mieux, je regarderai pour probablement modifier la recette conda et ajouter le package numactl.
Loraine
La version 4.0.8 est disponible.
Loraine
J'ai bien le fichier create_mega-reads.err, voici son contenu:
./correct_with_k_unitigs.sh: line 2: numactl: command not found
Je vais tenter la version 4.0.8, merci
Héloïse