Je mets actuellement à jour une formation lors de laquelle je souhaiterais utiliser l’outil « Convert GTF to BED12 ». Cependant avec la version d’annotations que je souhaite utiliser (GTF d’Ensembl 116) j’obtiens l’erreur « This job was terminated because it used more memory than it was allocated » (cela fonctionnait avec des précédentes versions d’annotations, mais le nombre de transcrits ayant augmenté, j’obtiens maintenant cette erreur). Je peux faire cette conversion de mon côté et fournir aux participants le fichier BED (je peux aussi leur indiquer qu’ils peuvent le faire avec https://usegalaxy.org/ avec lequel je n’ai pas cette erreur), mais j’aurais souhaité savoir s’il y avait une solution pour leur proposer pour le faire dans https://usegalaxy.fr (j’ai en effet lu dans une demande similaire que vous aviez augmenté les ressources allouées pour un outil).
Merci beaucoup d’avance !
Nous pouvons effectivement augmenter la mémoire allouée aux outils installés sur UseGalaxy.fr
Le changement pour l'outil GTF to BED12 (toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/gtftobed12/gtftobed12) sera effectif courant de la semaine prochaine.
Nous avons augmenté la mémoire allouée à gtftobed12 ce matin, vous pouvez retester !
Si vous constatez toujours la même erreur, pouvez-vous nous envoyer un rapport d'erreur depuis usegalaxy.fr ? Vous pouvez accéder à un formulaire depuis l'onglet "Error"