Message d’erreur Trinity : This job was terminated because it used more memory than it was allocated

Galaxy
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Bonjour,
J’espère que vous êtes bien de vos côtés. Je vous écris car je suis en train de faire un assemblage de transcriptomes avec Trinity, en utilisant 32 échantillons parired-end (64 bibliothèques NovaSeq) et le analyse s’arrête avec le message d’erreur « This job was terminated because it used more memory than it was allocated ». serait-il possible d’augmenter la disponibilité de mémoire pour cette logiciel sur Galaxy s’ils vous plait ?
En vous remerciant, je reste attentif à vos réponses.
Rodolfo

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Bonjour @rrondon,
J'ai manuellement augmenté la mémoire disponible pour l'outil en attendant que la merge request soit acceptée.
Faites nous savoir si c'était assez.

Bonnes analyses
Thomas

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Bonjour Thomas,

Merci bien pour l'augmentation de mémoire. J'ai essayé plusieur fois d'effectuer l'analyse avec Trinity, mais s'arrête presque aussitôt l'analyse commence, avec le message d'erreur suivant: "Unable to run this job due to a cluster error, please retry it later". Sauriez-vous ce que cause cette erreur?

Cordialement,

Rodolfo

4

Bonjour
C'est en cours d'investigation. J'ai lancé un test hier soir avec de nouveaux paramètres, j'attends qu'il se termine pour valider.
Thomas

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Bonjour
OK parfait. Je reste attentif à vos nouvelles.
Cordialement,
Rodolfo

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Bonjour Thomas,

J'espère que tout se passe bien de votre côté. Est-ce que avez-vous des nouvelles de la mise en place de l'analyse avec trinity ? un conseil à suivre ?

cordialement,

Rodolfo

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Bonjour Rodolfo,

J'ai (beaucoup) augmenté les ressources allouées à Trinity. J'espère en avoir mis assez (mon dernier test n'est pas encore fini). Elles sont maintenant disponibles sur usegalaxy.fr.
Vous pouvez utiliser l'outil et me faire un retour sur le statut du job.

Thomas

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bonjour thomas,

Merci beaucoup pour l'augmentation de mémoire.

J'ai essayé plusieurs analyses à ce jour, mais j'obtiens ces deux messages d'erreur :

"The job creating this dataset has been resubmitted"

et

"Unable to run this job due to a cluster error, please retry it later"

Quel seriat-il le problmème? Je vous remercie pour votre aide.

Cordialement,

Rodolfo

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Bonjour Rodolfo,
Désolé pour le délai de réponse.
J'ai changé le runner de Trinity [PROD] : resource, runner & qiime2 (!658) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab
Ce sera disponible sur usegalaxy.fr quand la MR sera validée.

Thomas