Bonjour,
je travaille avec dada2 sur Rstudio depuis plusieurs mois pour traiter des données de séquençage. J’utilise toujours la même pipeline et je n’ai rien changé à mon script. Depuis deux jours, l’utilisation habituelle du package dada2 bloque : j’ai un même message d’erreur, peu importe le nombre (et l’identité) des échantillons traités.
Après un filterandtrim, par exemple :
(out <- dada2::filterAndTrim(
fwd = fnFs,
filt = filtFs,
rev = fnRs,
filt.rev = filtRs,
trimRight = c(30,50),
trimLeft = c(20,20),
minLen = 150,
matchIDs = TRUE,
maxN = 0,
maxEE = c(3, 3),
truncQ = 2
))
et cela s’arrête au bout de quelques secondes avec le message suivant : Error in writeFastq(fqR, fout[[2]], "w", compress = compress) :
failed to write record 109
Quand je regarde le dossier où sont stockées les séquences filtrées, c’est comme si les fichiers commençaient à se créer, se remplaçaient les uns les autres, puis l’ensemble se bloque au bout de 3 ou 4 échantillons…
Je me demandais si cela pouvait être lié à une mise à jour récente ? Quelqu’un a-t-il une idée ?
Merci beaucoup !
Cassandre