Message module fastx_toolkit/0.0.14

IFB Core Cluster
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Bonjour,

Depuis quelques semaines, en lançant le script test.sh (voir ci-dessous) incluant la commande fasta_formatter, j'ai le message suivant qui apparait mais le résultat est bon :

/bin/bash: /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/fastx_toolkit-0.0.14/lib/libtinfo.so.6: no version information available (required by /bin/bash)

Quel est le problème ?

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dfilloux@clust-slurm-client2:/shared/ifbstor1/home/dfilloux/work$ cat ./test.sh

#!/bin/bash

#SBATCH -p fast

module load fastx_toolkit/0.0.14
fasta_formatter -w 0 -i 1.fa -o 1.fasta

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Même message pour le module module load blast/2.12.0

/bin/bash: /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/blast-2.12.0/lib/libtinfo.so.6: no version information available (required by /bin/bash)

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Ces messages sont toujours là pour le module module load blast/2.12.0 :

awk: /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/blast-2.12.0/lib/libtinfo.so.6: no version information available (required by /lib/x86_64-linux-gnu/libreadline.so.8)

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Bonjour Denis,

blast/2.12.0, fastx_toolkit/0.0.14 utilisent une version ancienne de la librairie libtinfo.so.6.
Du coup, tous les autres programmes (comme bash, vim, etc.) qui utilisent cette librairie remonte une erreur "no version information available".
Infos complémentaire ici : libtinfo.so.6: no version information available message using conda environment - Stack Overflow

Ce n'est pas très grave en soi (la commande est bien exécuté) ca remonte juste ces messages dans la console.
Et il suffit de charger le module seulement au moment où on l'utilise ou d'utiliser une version plus récente (blast/2.14.0 n'a pas ce type d'erreur).
Exemple:

$ cat test_fasta-formatter.sh 
#!/bin/bash
module load fastx_toolkit/0.0.14
fasta_formatter -w 0 -i 1.fa -o 1.fasta

# Si je charge le module dans mon environnement
$ module load fastx_toolkit/0.0.14
$ ./test_fasta-formatter.sh 
/bin/bash: /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/fastx_toolkit-0.0.14/lib/libtinfo.so.6: no version information available (required by /bin/bash)

# Si je ne charge le module que dans le script (qu'au moment de l'appel)
$ module purge
$ ./test_fasta-formatter.sh
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Effectivement, le message disparait bien en loadant le module juste avant son usage puis en le purgeant.
Merci pour l'astuce et l'aide à la compréhension du phénomène !
C'est compris !

Bonne soirée.

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