Bonjour,
Après avoir lancé l'outil Metabolites correlation analysis, le message d'erreur suivant est indiqué : "This job was terminated because it used more memory than it was allocated".
(pi, il me reste 80% d'espace de stockage sur mon compte w4m, et les 3 fichiers analysés avec cet outil ne sont pas volumineux < 8 MB).
Bonjour Sophie,
Ce message n'est pas lié au quota utilisateur mais aux ressources allouées à l'outil.
Cet outil est vite memory-phage, il ne dépend pas tant du poids des fichiers que du nombre de variables analytiques dans le fichier.
Peux-tu me partager ton historique ? Je peux essayer d'estimer la ressource nécessaire pour faire une demande d'augmentation de ressource de l'outil adéquate.
Bonne journée,
Mélanie
Suite à des tests sur les données de l'historique communiqué, effectivement l'incident est dû à la taille du jeu de données en nombre de variables analytiques (>14000), qui entrainerait un besoin de mémoire d'un peu plus de 16Go a priori.
Du coup @team.galaxy serait-il possible d'allouer à l'outil plus de mémoire ?
Outil concerné : Metabolites Correlation Analysis
Galaxy Tool ID: toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/workflow4metabolomics/correlation_analysis/correlation_analysis/1.0.1+galaxy0
Memory Allocated (actuel) : 2048 (MB)
Mémoire que l'outil doit être en mesure de gérer : un peu plus de 16 Go si estimation correcte
Par avance merci.
Mélanie
Hello!
C'est en cours par ici: Increase correlation_analysis tool to 10Go (!723) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab
Bonne soirée!