Metagenomique contig binning MaxBin2

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour,
Serait il possible d installer MaxBin2 (1) svp ? C est un outil de binning des contigs pour la metagenomique. J ai vu qu il y a deja Concoct mais il semble que MaxBin (1 ou 2) soient bien meilleurs pour les approches long reads (2).
Merci beaucoup,
Fred Chaux

1: MaxBin 2.0: an automated binning algorithm to recover genomes from multiple metagenomic datasets | Bioinformatics | Oxford Academic (oup.com)

2: Assembly methods for nanopore-based metagenomic sequencing: a comparative study | Scientific Reports (nature.com)

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Bonjour,

MaxBin2 (v2.2.7) a été installé (add maxbin2/2.2.7 (bioconda) (!1050) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab).
Comme d'habitude:

module load maxbin2/2.2.7

Bonne journée

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Genial, merci beaucoup !
Cdlt,
Fred Chaux

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Bonjour,
Je viens de lancer Maxbin2 pour la premiere fois mais je recois un message d erreur de compilation (medaka est deja present sur le cluster cependant), pouvez vous me dire si je dois installer/loader un module complementaire ?
Merci beaucoup d avance pour votre aide !
Fred Chaux

  • jobid : 32868939

  • command:
    #!/bin/bash
    #SBATCH --mem 50G
    #SBATCH --partition long

module load minimap2/2.24
module load samtools/1.15.1
module load medaka/1.7.2
module load maxbin2/2.2.7
[...]
run_MaxBin.pl -contig my.fasta -out my_out_maxbin -reads my.reads -plotmarker

  • slurm-32868939.out :
    Can't locate LWP/Simple.pm in @INC (you may need to install the LWP::Simple module) (@INC contains: /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/medaka-1.7.2/lib/perl5/5.32/site_perl /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/medaka-1.7.2/lib/perl5/site_perl /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/medaka-1.7.2/lib/perl5/5.32/vendor_perl /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/medaka-1.7.2/lib/perl5/vendor_perl /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/medaka-1.7.2/lib/perl5/5.32/core_perl /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/medaka-1.7.2/lib/perl5/core_perl .) at /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/maxbin2-2.2.7/bin/run_MaxBin.pl line 4.
    BEGIN failed--compilation aborted at /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/maxbin2-2.2.7/bin/run_MaxBin.pl line 4.
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Bonjour,

Je ne reproduits pas l'erreur.
Pouvez-vous me donner le chemin vers votre script bash ou le script en entier ?

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PS: Privilégiez l'ouverture d'un nouveau sujet pour éviter que l'on passe à côté de votre demande.