Mise a disposition de nouvelles banques pour FROGS

Galaxy
41

Salut,
Hum, je ne sais pas si ces 2 là avaient disparu, ou si elles n'avaient juste pas été ajoutées.
En tout cas je viens de les remettre, et normalement elles ne disparaîtront pas cette fois-ci.
a+
Anthony

42

Merci @abretaud .
C'est évidemment quand on prend contact avec vous qu'on a dans la foulée de nouvelles demandes de mise à disposition d'autres bases.

Est ce qu'à tout hasard tu (ou quelqu'un d'autre de la @team.galaxy ) pourrais relancer le datamanager avec la date : 20241025
Cela devrait installer :

  • 7 bases SILVA
  • 1 base CyanoSeq

et également relancer le datamanager avec Select database by name = PR2 qui permettra de mettre à disposition la base 5.0.1 de PR2.

Merci à tous pour votre aide.

a+

Maria

43

Salut @mariabernard ,
C'est bon normalement, les nouvelles banques sont ajoutées
Anthony

44

Génial! merci @abretaud

45

Bonjour @team.galaxy,

Me revoilà avec des nouvelles banques à installer:

  • UNITE Fungi 10.0 et une sélection de séquences Genbank

Le plus simple est de lancer le datamanager avec comme paramètre la date 20250313.
Cela installera 2 bases ITS_UNITE_Fungi_10.0_20250219, ITS_UNITE_Eukayote_10.0_20250219 et rbcl_Genbank_personal_20250313

  • MIDORI2_UNIQ_SP_COI_GB253 et BOLD_COI-5P_082023

Ces bases sont plus anciennes, il faut raisonner sur plusieurs paramètres pour ne télécharger que celles souhaitées :
MIDORI2_UNIQ_SP_COI_GB253

  • amplion specific : COI
  • by name : MIDORI2
  • filter name : UNIQ_SP

BOLD_COI-5P_082023

  • amplion specific : COI
  • by name : BOLD
  • filter name : phyla_subset

Merci pour votre aide

Maria

46

Bonjour @mariabernard
Je viens de lancer les DMs
Thomas

47

Hello @tchaussepied

Merci pour le lancement ... j'ai lancé des mini tests sur Galaxy pour vérifier. J'attends les resultats mais j'ai déjà deux soucis:

  • Les banque ITS_UNITE_Fungi_10.0_20250219 et ITS_UNITE_Eukayote_10.0_20250219 sont en double .... J'ai peut être mal regardé au départ ... le problème c'est que ça va faire planter l'outil en fournissant 2 bases au lieu d'une ... Il faudrait identifier le .loc pour supprimer 2 lignes et ne conserver qu'une seule ligne pour chaque banque. Vraiment désolée.

  • Pour rbcl_Genbank_personal_20250313, je ne comprends pas trop ce qui se passe... La banque est dans la liste mais lorsqu'on veut l'utiliser on a un message d'erreur comme quoi on a pas le droit d'utiliser cette valeur. Pour autant j'ai cliqué sur executeret mon job se termine correctement.

    image
    image1227×437 68.4 KB

Tu pourrais m'envoyer le log du datamanager qui a permis de télécharger cette base, et voir si la ligne qui correspond à cette base dans le .loc aurait un format bizarre? J'avoue je ne vois pas ce qui pourrait provoquer ça...

a+

Maria

48

Voici le retour de log de rbcl

{"data_tables": {"frogs_db": [{"name": "ITS UNITE Eukayote 10.0 20250219", "value": "ITS_UNITE_Eukayote_10.0_20250219", "path": "/shared/ifbstor1/galaxy/datasets2/jobs/006/320/6320986/outputs/dataset_734904bc-7581-4e0e-9be4-3e862bf6f4be_files/frogs_db_20250620/Unite_Euka_10.0_20250219/Unite_Euka_10.0_20250219.fasta"}, {"name": "ITS UNITE Fungi 10.0 20250219", "value": "ITS_UNITE_Fungi_10.0_20250219", "path": "/shared/ifbstor1/galaxy/datasets2/jobs/006/320/6320986/outputs/dataset_734904bc-7581-4e0e-9be4-3e862bf6f4be_files/frogs_db_20250620/Unite_Fungi_10.0_20250219/Unite_Fungi_10.0_20250219.fasta"}, {"name": "rbcl Genbank personal 20250313", "value": "rbcl_Genbank_personal_20250313", "path": "/shared/ifbstor1/galaxy/datasets2/jobs/006/320/6320986/outputs/dataset_734904bc-7581-4e0e-9be4-3e862bf6f4be_files/frogs_db_20250620/rbcl_Genbank_personal_20250313/rbcl_Genbank_personal_20250313.fasta"}]}}
49

hmmm ... rien d'anormale de ce côté là ...

50

Hello @tchaussepied

Je viens de retester ce matin, je n'ai plus le message chelou en utilisant la base rbcl_Genbank_personal_20250313.

Pour les doublons de base Unite, il faudrait directement modifier les .loc... Est ce que je peux me rendre utile ?

Du coup plus généralement, la mise à disposition de ces banques vous demande potentiellement un travail qui n'est pas franchement compliqué mais qui vous demande du temps en plus comparé à de vrai problème serveur ou installation de nouveaux outils. Du coup je me demandais si la @team.galaxy accepterais un nouveau membre a minima pour la gestion de ces bases (et éventuellement celles d'autres outils)?
Je ne dis pas ça pour critiquer votre travail, bien au contraire!!

Bonne journée

Maria

51

Salut @mariabernard
J'ai supprimé les doublons
Thomas

52

au top @tchaussepied merci!

Et si jamais vous pensez que je peux contribuer plus. Je vous laisse revenir vers moi!

a+

Maria

53

Bonjour @team.galaxy ,
Nous avons une nouvelle demande de base de donnée demandé par une utilisatrice utilisant l'IFB. Pourriez vous installer la rbcL_Diat.barcode_13.1 via le FROGS Data manager avec la date 20250627 ?

En vous remerciant et en vous souhaitant une bonne fin de semaine !

Gabryelle

54

Bonjour @GabryelleAgoutin
Je viens de lancer le datamanager
Thomas