Mise a disposition de nouvelles banques pour FROGS

Galaxy
41

Salut,
Hum, je ne sais pas si ces 2 là avaient disparu, ou si elles n'avaient juste pas été ajoutées.
En tout cas je viens de les remettre, et normalement elles ne disparaîtront pas cette fois-ci.
a+
Anthony

42

Merci @abretaud .
C'est évidemment quand on prend contact avec vous qu'on a dans la foulée de nouvelles demandes de mise à disposition d'autres bases.

Est ce qu'à tout hasard tu (ou quelqu'un d'autre de la @team.galaxy ) pourrais relancer le datamanager avec la date : 20241025
Cela devrait installer :

  • 7 bases SILVA
  • 1 base CyanoSeq

et également relancer le datamanager avec Select database by name = PR2 qui permettra de mettre à disposition la base 5.0.1 de PR2.

Merci à tous pour votre aide.

a+

Maria

43

Salut @mariabernard ,
C'est bon normalement, les nouvelles banques sont ajoutées
Anthony

44

Génial! merci @abretaud

45

Bonjour @team.galaxy,

Me revoilà avec des nouvelles banques à installer:

  • UNITE Fungi 10.0 et une sélection de séquences Genbank

Le plus simple est de lancer le datamanager avec comme paramètre la date 20250313.
Cela installera 2 bases ITS_UNITE_Fungi_10.0_20250219, ITS_UNITE_Eukayote_10.0_20250219 et rbcl_Genbank_personal_20250313

  • MIDORI2_UNIQ_SP_COI_GB253 et BOLD_COI-5P_082023

Ces bases sont plus anciennes, il faut raisonner sur plusieurs paramètres pour ne télécharger que celles souhaitées :
MIDORI2_UNIQ_SP_COI_GB253

  • amplion specific : COI
  • by name : MIDORI2
  • filter name : UNIQ_SP

BOLD_COI-5P_082023

  • amplion specific : COI
  • by name : BOLD
  • filter name : phyla_subset

Merci pour votre aide

Maria

46

Bonjour @mariabernard
Je viens de lancer les DMs
Thomas

47

Hello @tchaussepied

Merci pour le lancement ... j'ai lancé des mini tests sur Galaxy pour vérifier. J'attends les resultats mais j'ai déjà deux soucis:

  • Les banque ITS_UNITE_Fungi_10.0_20250219 et ITS_UNITE_Eukayote_10.0_20250219 sont en double .... J'ai peut être mal regardé au départ ... le problème c'est que ça va faire planter l'outil en fournissant 2 bases au lieu d'une ... Il faudrait identifier le .loc pour supprimer 2 lignes et ne conserver qu'une seule ligne pour chaque banque. Vraiment désolée.

  • Pour rbcl_Genbank_personal_20250313, je ne comprends pas trop ce qui se passe... La banque est dans la liste mais lorsqu'on veut l'utiliser on a un message d'erreur comme quoi on a pas le droit d'utiliser cette valeur. Pour autant j'ai cliqué sur executeret mon job se termine correctement.

    image
    image1227×437 68.4 KB

Tu pourrais m'envoyer le log du datamanager qui a permis de télécharger cette base, et voir si la ligne qui correspond à cette base dans le .loc aurait un format bizarre? J'avoue je ne vois pas ce qui pourrait provoquer ça...

a+

Maria

48

Voici le retour de log de rbcl

{"data_tables": {"frogs_db": [{"name": "ITS UNITE Eukayote 10.0 20250219", "value": "ITS_UNITE_Eukayote_10.0_20250219", "path": "/shared/ifbstor1/galaxy/datasets2/jobs/006/320/6320986/outputs/dataset_734904bc-7581-4e0e-9be4-3e862bf6f4be_files/frogs_db_20250620/Unite_Euka_10.0_20250219/Unite_Euka_10.0_20250219.fasta"}, {"name": "ITS UNITE Fungi 10.0 20250219", "value": "ITS_UNITE_Fungi_10.0_20250219", "path": "/shared/ifbstor1/galaxy/datasets2/jobs/006/320/6320986/outputs/dataset_734904bc-7581-4e0e-9be4-3e862bf6f4be_files/frogs_db_20250620/Unite_Fungi_10.0_20250219/Unite_Fungi_10.0_20250219.fasta"}, {"name": "rbcl Genbank personal 20250313", "value": "rbcl_Genbank_personal_20250313", "path": "/shared/ifbstor1/galaxy/datasets2/jobs/006/320/6320986/outputs/dataset_734904bc-7581-4e0e-9be4-3e862bf6f4be_files/frogs_db_20250620/rbcl_Genbank_personal_20250313/rbcl_Genbank_personal_20250313.fasta"}]}}
49

hmmm ... rien d'anormale de ce côté là ...

50

Hello @tchaussepied

Je viens de retester ce matin, je n'ai plus le message chelou en utilisant la base rbcl_Genbank_personal_20250313.

Pour les doublons de base Unite, il faudrait directement modifier les .loc... Est ce que je peux me rendre utile ?

Du coup plus généralement, la mise à disposition de ces banques vous demande potentiellement un travail qui n'est pas franchement compliqué mais qui vous demande du temps en plus comparé à de vrai problème serveur ou installation de nouveaux outils. Du coup je me demandais si la @team.galaxy accepterais un nouveau membre a minima pour la gestion de ces bases (et éventuellement celles d'autres outils)?
Je ne dis pas ça pour critiquer votre travail, bien au contraire!!

Bonne journée

Maria

51

Salut @mariabernard
J'ai supprimé les doublons
Thomas

52

au top @tchaussepied merci!

Et si jamais vous pensez que je peux contribuer plus. Je vous laisse revenir vers moi!

a+

Maria

53

Bonjour @team.galaxy ,
Nous avons une nouvelle demande de base de donnée demandé par une utilisatrice utilisant l'IFB. Pourriez vous installer la rbcL_Diat.barcode_13.1 via le FROGS Data manager avec la date 20250627 ?

En vous remerciant et en vous souhaitant une bonne fin de semaine !

Gabryelle

54

Bonjour @GabryelleAgoutin
Je viens de lancer le datamanager
Thomas

55

Bonjour @team.galaxy

Nous remarquons que des bases de données ont de nouveau disparu. Toutes celles après la date du 20241121 sur le datamanager ne sont plus disponibles sur l'IFB.
Quand des bases ont disparu, vous relancer le data manager ? Si oui, pouvez-vous le relancer à cette date ?
Si c'est une autre procédure, il faudrait relancer, dans tous les cas, le data manager à la date du 20250721 contenant les dernières bases que nous n'avions pas encore fait installer à l'IFB.

En vous remerciant et en vous souhaitant une bonne journée,
Gabryelle

56

Bonjour @GabryelleAgoutin,

j’ai pris le dossier, c’est en cours de résolution.

Thomas

57

Salut @team.galaxy
Il me semblait que c’était revenu mais au final je ne vois plus les bases après la date du 20241121 sur le datamanager. Ou en est la résolution du message du 21 janvier ?

En vous remerciant encore et en vous souhaitant une bonne journée,
Gabryelle

58

Bonjour,

J’ai relancé le DM

Thomas