Bonjour,
Nous constatons l'absence des banques 16S RefSeq bacteria et archae précédemment disponibles dans l'outil FROGS_5 Taxonomic affiliation. Les utilisateurs de FROGS pour l'affiliation des longreads en ont besoin. Pourriez-vous les remettre à disposition s'il vous plait ?
http://genoweb.toulouse.inra.fr/frogs_databanks/assignation/REFSeq/
Bonjour,
Ca devrait être bon maintenant.
Pouvez-vous vérifier ?
Bérénice
Impecc !
Merci beaucoup.
Bonne journée.
Bonjour,
Ces banques ont à nouveau disparu.
Pourriez-vous faire quelque chose pour qu'elles réapparaissent svp ?
Merci
Géraldine.
@bebatut Je relance le post.
Il manque des banques dans l'outil FROGS_5 Taxonomic affiliation 4.1.0.
Pourriez-vous les y remettre svp.
Merci.
Bonjour,
Ca devrait être bon maintenant.
Pouvez-vous vérifier ?
Bérénice
Oui elles sont revenues.
Merci.
Bonjour @bebatut
Aie, les banques ont à nouveaux disparus. Pourrais-tu les y remettre stp?
Quels est le problème avec ces banques ?
Géraldine.
Bonjour,
Je les ai réinstallées. On va investigué pourquoi elles disparaissent.
Bérénice
Merci Bérénice
Bonjour @bebatut ,
Les banques 16S RefSeq bacteria et archae précédemment disponible dans l'outil FROGS_5 Taxonomic affiliation ont à nouveau disparu ...
De plus, nous aimerions que la banque UNITE 8.2 ITS1 soit disponible pour l'outil Affiliation postprocess.
Pouvez vous remettre les banques disparues et ajouter UNITE 8.2 ITS1 dans Affiliation postprocess?
Merci,
Gabryelle
Hello @team.galaxy
Pour compléter le message de Gabryelle:
Les banques 16S RefSeq bacteria et archae peuvent être installées via le frogs datamanager en précisant REFseq dans le champ Select database by name
Par ailleurs, j'ai fait la demande d'installation de deux nouvelles bases dans un autre ticket : Mise a disposition de nouvelles banques pour FROGS - #16 par tchaussepied
Le paramétrage en fonction de la date cette fois ci est toujours valable: 20240408 dans le champ Download only most recent databases
Pour l'ajout de la base UNITE_8.2 pour l'outil FROGS Affiliation postprocess, il faut télécharger les fichiers disponibles ici : Index of /frogs_databanks/HVL/ITS/UNITE_8.2_20200204
Puis modifier à la main le fichier .loc frogs_HVL_db.loc en ajoutant les lignes suivantes :
UNITE_8.2_ITS1 UNITE 8.2 eukaryote ITS1 [PATH_TO]/Unite_8.2_20200204_euka.ITS1.fasta
UNITE_8.2_ITS2 UNITE 8.2 eukaryote ITS2 [PATH_TO]/Unite_8.2_20200204_euka.ITS2.fasta
Je ne sais pas trop comment sont gérés les .loc sur IFB, la dernière version du .loc doit être dans un répertoire du genre : galaxy/tool-data/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/frogs/frogs/0966b9635d76/frogs_HVL_db.loc
En espérant que cela vous aide.
Bonne journée à tous
Maria
Bonjour,
Nous avons relancé les data managers, et installé manuellement la UNITE_8.2 . add FROGs DB UNITE 8.2 (!1049) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab
Il y a actuellement un bug dans galaxy Data manager writes in unexpected .loc file · Issue #17836 · galaxyproject/galaxy · GitHub ce genre de problème pourrait revenir tant qu'elle ne sera pas résolue.
Thomas
Ok merci beacuoup Thomas
Pour la base Unite 8.2, elle n'est pas visible en ligne, il faut attendre une mise en prod ?
pour vérifier il faut dans l'outils FROGS Affiliation postprocess sélectionner Yes dans le paramètre Is this an amplicon hyper variable in length?
Bonne journée
Hello,
Juste un petit merci pour la mise en ligne de ces bases, c'est tout bon!
Bonne journée
Maria