Mise à disposition des banques 16S RefSeq "FROGS"

Hello @team.galaxy

Pour compléter le message de Gabryelle:

Les banques 16S RefSeq bacteria et archae peuvent être installées via le frogs datamanager en précisant REFseq dans le champ Select database by name

Par ailleurs, j'ai fait la demande d'installation de deux nouvelles bases dans un autre ticket : Mise a disposition de nouvelles banques pour FROGS - #16 par tchaussepied
Le paramétrage en fonction de la date cette fois ci est toujours valable: 20240408 dans le champ Download only most recent databases

Pour l'ajout de la base UNITE_8.2 pour l'outil FROGS Affiliation postprocess, il faut télécharger les fichiers disponibles ici : Index of /frogs_databanks/HVL/ITS/UNITE_8.2_20200204

Puis modifier à la main le fichier .loc frogs_HVL_db.loc en ajoutant les lignes suivantes :

UNITE_8.2_ITS1	UNITE 8.2 eukaryote ITS1	[PATH_TO]/Unite_8.2_20200204_euka.ITS1.fasta
UNITE_8.2_ITS2	UNITE 8.2 eukaryote ITS2	[PATH_TO]/Unite_8.2_20200204_euka.ITS2.fasta

Je ne sais pas trop comment sont gérés les .loc sur IFB, la dernière version du .loc doit être dans un répertoire du genre : galaxy/tool-data/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/frogs/frogs/0966b9635d76/frogs_HVL_db.loc

En espérant que cela vous aide.

Bonne journée à tous

Maria