Mise à jour de FastQ Screen et Alientrimmer

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour,

Serait-il possible de mettre à jour ces deux outils :

FastQ Screen v0.15.3 (GitHub - StevenWingett/FastQ-Screen: Detecting contamination in NGS data and multi-species analysis)
alientrimmer v2.0 (GIPhy / AlienTrimmer · GitLab)

Merci d'avance,
Mélanie HENNART

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Bonjour @team.software,

Je me permets de relancer ma demande car elle est sans réponse. Y a-t-il un problème à l'installation ? Afin de vous aider dans cette mise à jour : Fastq Screen :: Anaconda.org

Cordialement,

Mélanie

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Désolé, je me lance

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Installation de fastq-screen en cours

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module load fastq-screen/0.15.3

A propos d'Alientrimmer v2.0, les développeurs (que nous ne citons pas :slight_smile: ) ne semble pas proposer de packaging facile à installer. Je me suis renseigné. Sinon, nous le ferons.

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Je vous remercie pour FastQ Screen.

J'ai installé facilement (en suivant le README) et localement Alientrimmer. Il est disponible ici : '/shared/projects/microprony/scripts/AlienTrimmer'. Si vous voulez le partager à la communauté, il fonctionne comme ceci : ./Alientrimmer

En vous remerciant,

Mélanie

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Bonjour,

Si nous voulons l'installer pour la communauté, il va nous falloir écrire une image apptainer.
Ce n'est pas la mer à boire mais pas bien le temps en ce moment.

Donc très bien si cela vous convient.

Et bonne fête de fin d'année.