Bonjour,
Pouvez-vous mettre à jour la version de R sur le serveur Rstudio ? Actuellement RStudio tourne sur R v4.1.1, ce qui bloque l'installation de certains packages (snpR par exemple).
Merci d'avance pour votre réponse,
Cordialement,
EW
Bonjour,
R est disponible en plusieurs versions sur le cluster:
r/3.5.1 r/3.6.3 r/4.0.0 r/4.0.2 r/4.0.3 r/4.1.0 r/4.1.1 r/4.2.1 r/4.2.3 r/4.3.1
Mais il est vrai que la version sur rstudio.cluster.france-bioinformatique.fr/ est en v4.1.1 et la version RStudio via JupyterHUb en 4.2.3.
Malheureusement, nous ne ferons pas évoluer ce service puisque les efforts sont concentrés sur un nouvel outil (permettant d'uniformiser et choisir sa version de R notamment), courant janvier 2024.
En attendant, je ne peux que vous inviter à utiliser la version via JupyterHUB (si la 4.2.3 vous va) ou a basculer sur une utilisation via le cluster.
Bonjour David,
Je viens de me connecter sur JupyterHub mais :
"Error: HTTP 500: Internal Server Error (Error in Authenticator.pre_spawn_start: RuntimeError sbatch: error: Batch job submission failed: I/O error writing script/environment to file)"
Pouvez-vous résoudre le problème ?
Merci et bonne journée,
Emmanuel
Bonjour @ewicker, il y a eu un souci ce matin sur le stockage du core cluster, pouvez vous réessayer ?
Bonjour @arthurlebars,
Je me suis bien connecté au JupyterHub, mais la seule version de R disponible (en notebook et console) est la v.4.0.3. Pouvez-vous aussi me donner accès r/4.2.3., voire 4.3 ?
Par ailleurs, y a-t-il un tutoriel sur le site pour utiliser Jupyter Hub ? Je ne vois pas comment lancer Rstudio sur cette interface 
Merci de votre aide,
Normalement quand vous cliquez sur ce bouton en haut à gauche de l'interface jupyterhub:
Vous devriez avoir la proposition pour lancer Rstudio tout à droite (dans la rubrique notebook):
(il y a un petit délai le temps que le serveur Rstudio se lance)
Normalement la version R 4.2.3 devrait se charger automatiquement:
Je tâche de voir pourquoi vous n'avez pas accès a Rstudio via jupyterthub.
Comme @dbenaben l'a dit plus haut nous nous dirigeons vers un nouvel outil pour les applications interactives sur le cluster: https://ondemand.cluster.france-bioinformatique.fr/
Sur cette page vous devriez avoir accès a Rstudio (pas de version 4.3.2 cependant, la dernière version dispo est la 4.3.1).
Bonjour @ewicker,
Après investigation (merci @julien), il semblerait qu'il y ait un conflit entre des librairies python installées dans votre home, en particulier chardet. Si vous supprimez la librairie chardet de ~/.local/lib/python3.9 cela devrait régler le souci que vous rencontrez sur JupyterHub.
Il est déconseillé d'installer directement des librairies python en dehors d'un environnement virtuel car cela peut interférer avec l'installation de python3.9 faite sur le cluster (comme dans ce cas).
Si vous souhaitez conserver votre installation locale de python3.9, je vous conseille de lancer un pip freeze > ~/python3_9_requirements.txt puis de réinstaller tous ces packages dans un environnement virtuel.
Bonne journée 
Bonjour,
J'ai supprimé la librairie en question, mais mon Jupyter Lab ne change pas: toujours pas d'icone Rstudio.
Il y a sans doute un autre problème ?
Bonne fin de journée,