Mises à jour Bases NCBI nt et nr

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour,

Serait-il possible de mettre à jour les bases /shared/ifbstor1/bank/nt et /shared/ifbstor1/bank/nr au format BLAST (2.12.0) ?

Par avance, merci.

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Bonjour,
La synchronisation est en cours. Cela va prendre un peu de temps.

/shared/bank/nr/nr_2022-1-30
/shared/bank/nt/nt_2022-1-18
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Bonjour,

Merci pour votre célérité.

Je suppose que les bases sont maintenant mises à jour.

J'ai testé BLAST (blast/2.12.0) avec ces banques.

Il y a 2 problèmes cependant :

  1. La banque nr est bien fonctionnelle en invoquant -db /shared/ifbstor1/bank/nr/nr_2022-1-30/blast/nr.
    En revanche, la banque nt ne l'est pas en invoquant -db /shared/ifbstor1/bank/nt/current/blast/nt (BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database).
  2. Ni /shared/ifbstor1/bank/nt/current, ni /shared/ifbstor1/bank/nr/current ne pointent respectivement sur
    /shared/ifbstor1/bank/nt/current/blast/nt et sur /shared/ifbstor1/bank/nr/nr_2022-1-30/blast/nr.

Merci d'avance pour la résolution du problème.

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C'est ce que j'allais vous dire. C'est bon pour nr mais j'ai relancé la synchro sur nt.

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C'est bon pour nt aussi

/shared/bank/nr/nr_2022-1-30
/shared/bank/nt/nt_2022-1-18

Enjoy!

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Parfait !
Ça marche.

Merci !

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Bonjour,
Est-ce qu'il serait possible de mettre à jour la database nr (version 2024-02-07) ?
Merci beaucoup,
Quentin