Mixomics sur Rstudio du cluster

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour,
voila quelques mois j'avais écrit un script avec le package mixomics qui tournait sans problème,
récemment j ai voulu refaire avec d autres échantillons,
j obtiens un message d'erreur que j ai du mal à comprendre
à l'étape :

tune.TCGA = tune.block.splsda(X = data, Y = Y, ncomp = ncomp,
test.keepX = test.keepX, design = design,
validation = 'Mfold', folds = 5, nrepeat = 2,
cpus = 2, dist = "centroids.dist")

j'ai :

2 nodes produced errors; first error: could not find function "n"

j'ai trouvé une personne qui a eu le même problème :
à priori la :

mais je n'ai aucune idée de ce que c'est NAMESPACE

est ce que c est possible de faire ce changement ?
sur le rstudio du cluster ?

Merci d'avance
Marina

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Bonjour,

Ce lien correspond à un modification du code du package Mixomics pour pallier à ton problème.
Ce correction semble avoir été intégrer à la version 6.11.4.
Donc si nous mettons à jour le package mixOmics, nous devrons profiter de cette mise à jour.

Je lance la mise à jour et revient vers toi.

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J'ai mis à jour le package mixOmics sous https://rstudio.cluster.france-bioinformatique.fr/

J'ai dû par contre installer le package depuis son repository github et non depuis bioconductor. Nous devons en effet mettre à jour notre version de R en 3.6.x. Donc à tester !

> library(mixOmics)
> sessionInfo()
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS Linux 7 (Core)

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /usr/lib64/R/lib/libRblas.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8     LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] mixOmics_6.11.7 ggplot2_3.2.1   lattice_0.20-35 MASS_7.3-50    

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.3         RSpectra_0.16-0    pillar_1.4.2       compiler_3.5.1     RColorBrewer_1.1-2
 [6] plyr_1.8.5         tools_3.5.1        zeallot_0.1.0      tibble_2.1.3       lifecycle_0.1.0   
[11] gtable_0.3.0       pkgconfig_2.0.3    rlang_0.4.2        Matrix_1.2-14      igraph_1.2.4.2    
[16] rstudioapi_0.9.0   parallel_3.5.1     gridExtra_2.3      withr_2.1.2        dplyr_0.8.3       
[21] stringr_1.4.0      vctrs_0.2.0        grid_3.5.1         tidyselect_0.2.5   glue_1.3.1        
[26] ellipse_0.4.1      R6_2.4.1           rARPACK_0.11-0     purrr_0.3.3        tidyr_1.0.0       
[31] reshape2_1.4.3     corpcor_1.6.9      magrittr_1.5       scales_1.1.0       backports_1.1.5   
[36] matrixStats_0.55.0 assertthat_0.2.1   colorspace_1.4-1   stringi_1.4.3      lazyeval_0.2.2    
[41] munsell_0.5.0      crayon_1.3.4
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Bonjour,
merci beaucoup.
Je n'ai toujours pas re-testé si ça fonctionne à cause des lenteurs sur rstudio depuis la fin de la semaine dernière...
A suivre

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Bonjour @Marina_Kafka,
Normalement, la cluster devrait être plus réactif.
Encore désolé pour ce désagrément.

Cordialement :christmas_tree:

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Hello
toujours pas bon pour moi, Rstudio
Ca rame toujours,

et jai des scripts qui étaient ouvert sous Rstudio sur lequels je travaillais quand ça a commencé à ralentir qui sont maintenant à 0kb (+ d'autres fichiers collés la semaine dernière), alors qu'ils étaient sauvegardés sur un nouveau projet ouvert récemment, ça fait comme si on avait perdu les droits d'écriture , quand j essaye d'en ajouté ils sont systématiquement à 0kb.

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Hello
pour info c'est bon j ai pu tester que tout refonctionne, dont Mixomics

J ai juste eu des pti bug en plus d'avant, qui sont peut être liés au mise à jour de R.

Pour info :
le package reshape2, j ai de messages d'erreur en utilisant la fonction dcast,
j ai changé pour la fonction pivot_wider (package tidyR) à la place, il n y a plus de soucis.

le package factoextra pour faire des ACP, des nouveaux bugs sont apparus depuis les mise a jour

Error: 'encode_colour' is not an exported object from 'namespace:farver'

résolu en installant farver (qui devait être installé avant)
install.packages("farver")

Au cas ou ça puisse être utile pour d'autre.

merci !