Bonjour,
Lorsque je fais srun --pty bash pour une session interactive j'obtiens :
srun --pty bash
srun: job 44923085 queued and waiting for resources
srun: job 44923085 has been allocated resources
rgoulancourt2@cpu-node-27:/shared/projects/human_msc_rnaseq/2025-03-10_MSC_RNA-seq$ module load r
bash: /usr/bin/tclsh: No such file or directory
Alors que ça marche très bien en dehors d'une session :
module load r
rgoulancourt2@clust-slurm-client:/shared/projects/human_msc_rnaseq/2025-03-10_MSC_RNA-seq$ R
R version 4.4.1 (2024-06-14) -- "Race for Your Life"
Copyright (C) 2024 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-conda-linux-gnu
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
Est-ce que c'est normal ?
Aussi j'ai une collègue qui lance un pipeline nextflow. Elle a dans son fichier bash "module load singularity" mais le script plante car il ne le trouve pas. Est-ce que ces deux erreurs sont liées ?
(projet mouse_retina_rna_seq, (jobid 44919808) dans le dossier Nfcore)
Erreur du pipeline : Command error:
env: ‘singularity’: No such file or directory
En vous remerciant,
Rebecca