Bonjour,
Lors que je lance MSnbase readMSData sur ma dataset collection, toutes les output sont rouges. Lorsque je consulte l'erreur, il y a ce message :
Error: Can not open file /shared/ifbstor1/galaxy/datasets2/jobs/005/925/5925344/working/Blanc_MeOH_4_NEG_DDA.mzML! Original error was: Error in pwizModule$open(filename): Invalid cvParam accession "1003293"
Execution halted
J'ai joints un screen pour exemple.
Pour info, mes data brutes ont été acquises en DDA (négatif) sur un Sciex ZenoTOF 7600.
Est-ce que vous avez déjà rencontré ce problème ?
Merci d'avance pour l'aide !
Bonjour,
Je ne suis pas familière des ZenoTOF, je n'ai donc pas de recul sur les données issues de cette machine en particulier.
En tous les cas, le message d'erreur laisse supposer un problème de prise en charge du numéro d'accession pour le "cvParam". Le numéro semble bon (j'ai bien trouvé cette référence pour le SCIEX ZenoTOF 7600), mais c'est peut-être la version du package mzR utilisée dans la version de l'outil Galaxy MSnbase qui serait trop ancienne (la prise en charge du numéro d'accession pour le ZenoTOF date de 2023, mais sauf erreur de ma part la version 2.16.1 du package MSnbase est antérieure).
J'en déduis donc, du haut de ce que je vois là (mais sans expertise sur le sujet), que la version actuel de l'outil proposée via W4M ne permet pas la prise la prise en charge de données de type ZenoTOF 7600. A moins qu'il existe une alternative ? @yguitton ? @gildaslecorguille ? @jsaintvanne ? Mes connaissances sont limitées sur les évolutions de versions de cette game d'outils.
Mélanie
J'ai aussi cru comprendre que, en cas de problème d'accession number, il était possible de s'en affranchir en passant à un fichier mzXML, mais comme par ailleurs vous avez des données DDA, j'imagine que vous pouvez être intéressé par la suite d'outil msPurity, dans ce cas un format mzML est plus indiqué.
A noter qu'il y a dans la section "Data Handling ALL" un outil nommé "Mz(X)ML Shaper" (lien direct ici) qui permet de basculer entre format mzML et mzXML. Je n'ai pas de données ZenoTOF donc je n'ai pas pu tester, mais en utilisant l'outil deux fois d'affilé sur des données issues d'autres appareil (d'abord pour faire mzML -> mzXML, puis mzXML -> mzML), cela retire effectivement les références aux accessions liées au nom de la machine. Donc peut-être à tester ? Sachant que cette information de modèle d'appareil n'est en fait pas utilisée pour l'extraction.
(Note : l'outil "Mz(X)ML Shaper" se basant sur la version 2.36.0 de mzR, normalement elle prend en charge des données de ZenoTOF 7600)
Bonjour,
Merci beaucoup pour votre réponse !
Entre temps, j'avais effectivement utilisé l'astuce de convertir en .mzXML, ce qui fonctionnait pour traiter les donnée mais ça aurait effectivement posé problème pour l'utilisation de msPurity.
En tout cas, j'ai essayé l'astuce de convertir mzML -> mzXML, puis mzXML -> mzML, et cela fonctionne ! Merci !!
Jason
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