Hi support, @team.galaxy
With @Justine we are facing a new issue with the job configuration of the msPurity pipeline tools. After RAM issue we have reached the time limit with the msPurity:spectralMatching step
How can we deal with such issue?
Thanks
Bonjour,
Je relance le ticket, comment pouvons-nous faire pour que le job passe ?
Merci
Bonjour,
Je suis en train de regarder le problème.
Cordialement
Bonjour @yguitton,
J'ai augmenté la limite de temps.
Pouvez vous nous confirmer que le problème est résolu ?
Cordialement
Bonjour
Toujours le même souci, malheureusement
On va ré-essayer avec d'autres paramètres
Yann
Bonjour @tchaussepied , @Lain
Nous avons toujours des soucis avec la brique msPurity::spectralMatching, soit nous avons un RAM limit soit nous avons un time limit reach.
Pour la RAM limit, une explication pourrait être que nous utilisions une base de données de spectres qui fait a elle seule 1.5 Go. Mais c'est juste une idée car je ne sais pas si l'outil R msPurity charge toute la base à un moment ou un autre du process.
Auriez-vous la possibilté d'augmenter beaucoup la RAM (même temporairement) pour que notre analyse puisse se terminer ?
Merci
Hello,
actellement, l'outils est restreint à un temps d'execution de 48H.
As-tu une idée du temps que pourrais prendre ce job?
Niveau mémoire, on est limité à 8Go. Pareil: as-tu une idée de la quantité de mémoire nécessaire (approximativement)?
Merci!
EDIT:
Pour MSPurity - Spectral Matching, on a passé la mémoire de 8Go à 16Go et le nombre de coeurs de 4 à 6, en espérant que cela accelèrerait le calcul - pour éviter le timeout.