Bonjour à tous,
J'utilise la version 21.04.0 de nextflow sur l'ifb et singularity avec un pipeline maison, aussi j'ai de manière aléatoire des jobs qui plantent régulièrement avec à chaque fois la même erreur "FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory".
En gros le fichier input du process n'est pas trouvé, or il existe belle est bien (Nextflow utilise des liens symboliques). Quand le job se relance au bout de deux ou trois fois, cela fini par fonctionner (j'ai mis le paramètre retry à 4), mais il arrive que cela ne suffise pas.
Aussi je me demandais si le problème pouvait venir du système de fichiers du cluster (problème de latence ???), et si je devais modifier quelques choses dans le fichier de configuration.
Merci pour votre aide.