Nextflow nf-core/ATACseq

Support scientifique et technique Nextflow
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Bonjour,

Je souhaiterais utiliser le pipeline Nextflow nf-core/ATACseq.
J'ai testé Nextflow en lançant le script suivant;

hello.nf
#!/usr/bin/env nextflow
params.str = 'Hello world!'
process splitLetters {
  output:
    path 'chunk_*'
  """
  printf '${params.str}' | split -b 6 - chunk_
  """
}
process convertToUpper {
  input:
    file x
  output: 
  stdout

  """
  cat $x | tr '[a-z]' '[A-Z]'
  """
}
workflow {
  splitLetters | flatten | convertToUpper | view { it.trim() }
}

que j'ai lancé avec les commandes suivantes:

[tsourisseau@clust-slurm-client nf-core-atacseq-pieline]$ nextflow run hello.nf
N E X T F L O W  ~  version 20.04.1
Launching `hello.nf` [admiring_descartes] - revision: 6473894c3d
No such variable: stdout
 -- Check script 'hello.nf' at line: 19 or see '.nextflow.log' file for more details

Etant débutant, je me suis fait aidé par un collègue plus chevronné qui n'a pas pu résoudre le problème.
Pourriez-vous me conseiller ou m'indiquer auprès de qui je pourrais demander conseil?

En vous remerciant par avance pour votre aide,

Bien à vous,
Tony

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Bonjour Tony,

Pourriez-vous éditer votre message afin de mettre l'extrait de code dans un bloc pré-formaté afin de faciliter sa lecture et retrouver l'indentation ?

Avez-vous trouvé des informations plus détaillés dans le fichier .nextflow.log ?

Pourrions-nous passer votre message en public afin de solliciter plus de personnes experte en Nextflow pour cette question ?

Julien

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Bonjour Julien,

Merci pour votre réponse.

1- Je suis désolé, mais je n'arrive pas à mettre les extraits de code dans un bloc pré-formaté (le boulet...), mais je vois que quelqu'un s'en est chargé pour moi; merci!

2- le fichier

.nextflow.log

n'est pas créé.

3- Oui bien sur, on peut passer notre conversation en message public

Merci encore pour votre aide,

Tony

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Bonjour, j'ai peur que la 20.04.1 ne puisse pas comprendre que votre test soit en DSL2 (nouvelle version de la syntaxe).
Je pense que qu'il faut soit ajouter: nextflow.enable.dsl=2 au début de votre script, ou utiliser une version de Nextflow plus récente.

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Bonjour,

Pour info, je viens de jouer le test (Get started — Nextflow 22.04.0 documentation) sur la dernière version mais malheureusement on tombe sur un autre bug (pb lié à la version de java): Launcher fails with Java 10 or later · Issue #953 · nextflow-io/nextflow · GitHub

J'ai tenté de recréer l'environnement (en espérant qu'on update la version java) sans succès.
@team.software Est-ce qu'on tente en spécifiant la version de java (tel que décrit ici Launcher fails with Java 10 or later · Issue #953 · nextflow-io/nextflow · GitHub) ?