Bonjour à tous,
Quand je lance le pipeline Nextflow rnasplice, je n'obtiens pas de dossier « rmats ». J'ai essayé plusieurs options, mais je suis bloqué.
Voici mon code :
module purge
module load singularity
module load openjdk
module load nextflow
srun nextflow run nf-core/rnasplice \
--input /shared/projects/rna_methylation_m6a/test_samplesheet.csv \
--contrasts /shared/projects/rna_methylation_m6a/contrastsheet.csv \
-r dev \
--fasta /shared/bank/homo_sapiens/GRCh38/fasta/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa \
--gtf /shared/bank/homo_sapiens/GRCh38/gtf/Homo_sapiens.GRCh38.101.gtf \
--rmats true \
--sashimi_plot true \
-profile ifb_core \
--outdir /shared/projects/rna_methylation_m6a/nfcore
Je me demande si le problème ne vient pas du fait que, lorsque je fais :
ml rmats
rmats -h
j'obtiens :
command 'rmats' not found, did you mean:
command 'rmath' from deb mathomatic (16.0.5-2build1)
Try: apt install <deb name>
Alors que cela fonctionne si je lance :
/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/rmats-4.1.1/bin/rmats.py -h
Le module est reconnu dans ce cas.
Ca fait plusieurs jours que je suis dessus et je commence à désespérer...
Merci beaucoup,
Pierre