No module named 'pandas' when use nextflow

Support scientifique et technique
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Bonjour la team,

Je suis en train de tester le pipeline de nextflow, mais il sort ce type d'erreur:

  Traceback (most recent call last):
    File "/shared/ifbstor1/projects/viropip/gitlab/m2_stage_note/nextflow_test/assets/script/contig_vote.py", line 2, in <module>
      import pandas as pd
  ModuleNotFoundError: No module named 'pandas'

Work dir:
  /shared/ifbstor1/projects/viropip/work/5b/f6d1bdc190148e7619b62677aa6e2c

J'ai bien fait module load python avant lancer le pipeline pour être sure que ça soit importé.
Et j'ai regardé aussi directement sur terminal depuis noeud login, il n'y a pas de problème si je fait module load python et import pandas. Donc je ne comprend pas pourquoi il n'arrive pas à trouver pandas

Est-ce que quelqu'un peut m'aider s'il vous plait?
Merci beaucoup et bonne journée,

Juejun

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Bonjour,
il s'agit de quel pipeline? Pouvez-vous donner la commande que vous utilisez pour le lancer?
Merci

Magali

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Bonjour Magali,

C'est un pipeline que je développe moi-même, je sais pas ce qui est arrivé mais il a fonctionné maintenant.
merci en tout cas.

juejun