Nr database; c'est version 4?

IFB Core Cluster
1

Quand je fais une blastx en utilisant la database nr, j'obtiens l'erreur suivante:
"BLAST Database error: Error: Not a valid version 4 database."

Path pour DB = /shared/bank/nr/current/blast/nr

Mais, je fais la meme blastx avec Swissprot et il n'y a pas de problème.

Des idées de solution?
Merci pour votre temps,

Emily

2

Blast a en effet créé une nouvelle version de ces indexes.

Quelle version de blast utilises-tu ?

blastx -version
3

J'ai le même problème.

Je n'arrive pas comprendre quel module blast il faut charger pour utiliser /work/bank/ncbi/blast/nt/ et/ou /work/bank/ncbi/blast/nr


$ blastn -version
blastn: 2.12.0+
 Package: blast 2.12.0, build Jul 13 2021 09:03:00

$ blastdbcheck -version
blastdbcheck: 2.12.0+
 Package: blast 2.12.0, build Jul 13 2021 09:03:00

$ blastdbcheck -db /shared/bank/nr/nr_2022-1-30/blast/nr
Writing messages to <stdout> at verbosity (Summary)
ISAM testing is ENABLED.
Legacy testing is DISABLED.
TaxID testing is DISABLED.
By default, testing 200 randomly sampled OIDs.

Testing 56 volume(s).
  /shared/ifbstor1/bank/nr/nr_2022-1-30/blast/nr.00 / MetaData:   [ERROR] caught exception.
  /shared/ifbstor1/bank/nr/nr_2022-1-30/blast/nr.01 / MetaData:   [ERROR] caught exception.
 ...

J'ai testé les 4 versions de blast disponibles :

blast/2.12.0 blast/2.2.31 blast/2.7.1 blast/2.9.0