Out of memory job kill

Bonjour,

J'essaye de faire un mapping de souches sur une ref et je ne comprends pas pourquoi il me kill avec ce message d'erreur
slurmstepd: error: Detected 1 oom-kill event(s) in StepId=32320691.0 cgroup. Some of your processes may have been killed by the cgroup out-of-memory handler.
srun: error: cpu-node-39: task 0: Out Of Memory
j'ai 95 souches de 1Mbases a mapper en boucle et je me suis mise sur la partition longue avec 250 de mémoire
je ne vois pas ce qui pêche .....
pourriez vous m'aider ? :slight_smile:
merci d'avance

Chloé

Bonjour Chloé,

Attention à l'unité, vous demander 250Mo ...

Default units are megabytes.
Different units can be specified using the suffix [K|M|G|T].

J'imagine que vous utiliser --mem=250 (ce qui équivaut à 250Mo) au lieu d'utiliser --mem=250G (qui équivaudrait à 250Go) ?