Désolée de revenir encore vers vous, mais depuis 10 jours, j’ai lancé 3 fois l’outil CAMERA sur 4 Workflow différents, à des moments différents, mais il bugge à chaque fois.
Le message est toujours le suivant : An error occurred while running the tool toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/lecorguille/camera_annotate/abims_CAMERA_annotateDiffreport/2.2.6+camera1.48.0-galaxy1.
Est-ce normal ? Dû à la saturation du système ? Dois-je utiliser une autre version que celle-ci ?
Désolée pour le délai de réponse. Le problème est-il toujours d’actualité ? Si oui, serait-il possible d’avoir plus d’info sur le message d’erreur (par exemple, message affiché dans l’aperçu quand on clique sur le nom du dataset en rouge dans l’historique) ?
Je n’avais pas réessayé depuis mon message. Mais j’avais essayé sur plusieurs historiques différents à 3 moments différents. J’ai relancé hier sur plusieurs datasets mais ça mouline encore.
Le message dans la partie rouge des essais précédents est “Unable to finish job”. Celui quand on clique sur le Bug est “An error occurred while running the tool toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/lecorguille/camera_annotate/abims_CAMERA_annotateDiffreport/2.2.6+camera1.48.0-galaxy1”
Cette étape fait partie d’un workflow qui ne m’a jamais posé de problème jusqu’à présent…
Pour une matrice d’environ 700 ions seulement, sur 3 historiques différents, CAMERA est encore en rouge.
Le message dans la partie droite est : This job was terminated because it ran longer than the maximum allowed job run time. Please click the bug icon to report this problem if you need help.
Et toujours le même message dans la partie gauche.
Comme CAMERA diffreport cumul pas mal de fonctions dont une qui retourne à la données mzML il est possible que le nombre de fichiers soit un souci plus que le nombre de features (700 c’est peu). Nous avons mis en place des fonctions séparées de CAMERA et un workflow est disponible ici , pourriez-vous tester et vérifier que groupFWHM passe? Car cette étape de génération des pseudospectra est celle qui fait des aller/retour avec les données. Si comme je le pense il s’agit du nombre de fichiers le problème. Il est possible d’activer l’option avancée de sélection des fichiers de référence pour la création des pseudospectra dans groupFWHM. mettez simplement le numero d’ordre de vos fichiers d’intérêt (quelques QC par exemple). ci-dessous dans l’exemple j’ai sélectionné les fichiers 1 4 et 32
