Ouverture d’un port pour accès mysql à DB Ensembl

IFB Core Cluster
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Bonjour,

J'essaie de me connecter à la DB Mysql publique d'Ensembl via l'API Perl.
Est-ce que le port 3306 est ouvert ?
Merci.
PS (le code marche en local au labo)

bballester@core-login2 ~/fancyname > perl5.26.2 testAPI.pl 

DBI connect('host=ensembldb.ensembl.org;port=3306','anonymous',...) failed: Can't connect to MySQL server on 'ensembldb.ensembl.org' (110) at /shared/home/bballester/src/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/Registry.pm line 1771.

-------------------- EXCEPTION --------------------
MSG: Cannot connect to the Ensembl MySQL server at ensembldb.ensembl.org:3306; check your settings & DBI error message: Can't connect to MySQL server on 'ensembldb.ensembl.org' (110)
STACK Bio::EnsEMBL::Registry::load_registry_from_db /shared/home/bballester/src/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/Registry.pm:1771
STACK toplevel testAPI.pl:9
Date (localtime)    = Tue Apr  9 15:09:05 2024
Ensembl API version = 111
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Bonjour,

Je vous confirme que le port est bloqué en sortie.

Nous regardons s'il est possible d'ouvrir ces flux.
On reviens vers vous dès que possible.

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Bonjour @bballester

Pardon pour ma méconnaissance, mais pouvez-vous expliciter votre usage de cette API ? Pour être plus précis, est-ce qu'on ne pourrait pas imaginer avoir une copie des données d'Ensembl (https://www.ensembl.org/info/data/index.html) sur le cluster ?

Je me permets de vous poser la question pour voir si l'ouverture du flux est indispensable et p'têtre qu'une copie locale serait également plus performante.

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Bonjour @dbenaben ,

Alors oui en effet, en terme de performance, etc.. c'est mieux d'avoir des copies des DB ensembl (core, compara, etc...) en local.

Mais, pour l'instant mon utilisation est tres basique, je teste l'API actuellement versus d'autres modes d'analyses (via UCSC, parsing de fichier BED, REST etc..). Je n'ai pas prévu de mettre en place un pipeline avec l'API Perl d'Ensembl, pour l'instant.

Je pense qu'il n'est pas nécessaire à ce jour de les installer,

  1. parce que c'est tres gros en taille,
  2. leurs DB mysql publique me suffisent.
  3. je ne suis pas sur qu'il y ai une grosse demande de la communauté SFBI (plus personne ne code en Perl ce jour, hormis les "vieux" comme moi).

Pour info, j'ai bossé 6ans chez Ensembl, donc l'installation des DBs etc j'ai donné, je sais que c'est lourd, et gros.

Pour résumé, c'est juste pour du test d'API vers leurs DB publique. Rien de plus.
J'étais surpris que ce port relativement classique soit fermé. Si c'est problématique niveau sécurité, pas de problème je peux comprendre, je fais mes tests en local.

Merci,

Benoit

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Bonjour,

Les flux vers les serveurs MySQL publiques d'Ensembl sont autorisés.

Ca devrait donc maintenant fonctionner.

Bonne soirée