Bonjour,
Nous aurions besoin d'utiliser les commandes anvi-setup-ncbi-cogs et anvi-setup-kegg-data sur le cluster, cependant comme ces commandes impliquent l'installation de bases de données, elles nécessitent d'être faites par des administrateurs. Voici les sorties obtenues après l'execution des commandes :
anvi-setup-kegg-data
anvi-setup-ncbi-cogs
vyogaranjan@clust-slurm-client2:/shared/projects/hesa_metagenomics/scripts$ anvi-setup-ncbi-cogs
COG version ..................................: COG20
COG data source ..............................: The anvi'o default.
COG base directory ...........................: /opt/conda/envs/anvioenv/lib/python3.10/site-packages/anvio/data/misc/COG
Config Error: So the COG data directory is not there, and anvi'o wants to create one. But it
didn't go that well. It could be due to permissions (which may require you to
run this with sudo or may need to ask your sys admin to do it for you since this
is a one time operation), or it could be due to something totally irrelevant.
Here is the error message: [Errno 30] Read-only file system:
'/opt/conda/envs/anvioenv/lib/python3.10/site-packages/anvio/data/misc/COG'.
Serait-il possible d'éxecuter ces commandes (nous en aurions besoin au plus vite) ? Merci d'avance pour ce que vous ferez.
Cordialement,
Vitushanie Yogaranjan