Bonjour,
Je suis en train d'utiliser qualimap sur différents génomes et pour certain la tache ne se termine pas et j'ai ce type de message:
/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/qualimap-2.2.2b/bin/qualimap: line 80: 43064 Killed java $java_options -classpath '/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/qualimap-2.2.2b/share/qualimap-2.2.2b-1/*' org.bioinfo.ngs.qc.qualimap.main.NgsSmartMain "${ARGS[@]}"
Quel est donc le problème?
Merci d'avance
Bonjour,
Comment lancez-vous vos calculs (JupyterHUB ou directement depuis le cluster avec sbatch/srun) ?
Je soupçonne un manque de mémoire (option --mem) ou un temps insuffisante (option --time).
bonjour,
j'utilise une session jupyterHub (1 CPU). je n'ai pas mis d'option particulière de mémoire.
merci d'avance
Bonjour,
Il est possible de changer les paramètres mémoire et CPU au moment de lancer JupyterHUB:
Vous pouvez essayer de monter ces paramètres (CPU, mémoire, paramètre --java-mem-size de qualimap) ou peut-être plus efficacement de lancer qualimap dans un job dédié: Quick start guide - IFB Core Cluster Documentation ?
Merci beaucoup! (j'ai augmenté à 2 CPU et 2 GB, et cela fonctionne!)
Parfait !
A l'occasion je vous encourage quand même à essayer de lancer vos jobs sur le cluster via les commandes slurm (Quick start guide - IFB Core Cluster Documentation). Cela vous sera très probablement utile pour faire de plus gros traitement et/ou traiter plusieurs jeu de données.
