Pbl avec Read10X de la library seurat

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour,
J'utilise Rstudio de l'IFB et je rencontre des pbl que je n'avais pas avant (=> peut être du à la mise à jour de R )
par ex avec la fonction Read10X de seurat que je viens de tester sur un échantillon qui fonctionnait avant:
j'ai bien mes 3 fichiers :

list.files(data_dir)
[1] "barcodes.tsv" "genes.tsv" "matrix.mtx"

mais j'ai un message d'erreur qd je lance la focntion:
test.data <- Read10X(data.dir = data_dir)
Error in readMM(file = matrix.loc) : type 'matrix' not recognized

je viens de tester
Matrix::readMM('/mon chemin absolu/matrix.mtx')
Error in Matrix::readMM("/shared/ifbstor1/projects/du_bii_2019/igirault/TNBC_Immune_Cell_GSE169246/test_10X_genomics/matrix.mtx") :
type 'matrix' not recognized

Si maintenant je fais la meme chose sur mon PC tout fonctionne avec les packages suivants
dplyr_1.0.6 SeuratObject_4.0.2 Seurat_4.0.4 readr_2.1.0 Matrix_1.3-4

Merci de votre aide
:wink:

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je réponds à moi même je sais :sweat_smile:
mais en fait j'ai relance ma session (pour la ènième fois) de R studio et maintenant cela fonctionne!

je voudrais quand meme vous informer que depuis la mise à jour j'ai souvent des crashs intempestifs

Je ne sais pas si qq'un a fait la même observation

Merci à tous et surtout belle journée :wink:

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Merci @igirault , si d'autre personne ont des crash intempestifs depuis la mise à jour de rstudio, merci de nous le signaler ici: [4.0.3 => 4.1.0] La version de R dans Rstudio et JupyterHub va etre mise à jour

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lol
se sont des vrais bioinfos eux...... ils doivent certainement tout faire en lignes de commande :innocent: