Bonjour,
J'utilise Rstudio de l'IFB et je rencontre des pbl que je n'avais pas avant (=> peut être du à la mise à jour de R )
par ex avec la fonction Read10X de seurat que je viens de tester sur un échantillon qui fonctionnait avant:
j'ai bien mes 3 fichiers :
list.files(data_dir)
[1] "barcodes.tsv" "genes.tsv" "matrix.mtx"
mais j'ai un message d'erreur qd je lance la focntion:
test.data <- Read10X(data.dir = data_dir)
Error in readMM(file = matrix.loc) : type 'matrix' not recognized
je viens de tester
Matrix::readMM('/mon chemin absolu/matrix.mtx')
Error in Matrix::readMM("/shared/ifbstor1/projects/du_bii_2019/igirault/TNBC_Immune_Cell_GSE169246/test_10X_genomics/matrix.mtx") :
type 'matrix' not recognized
Si maintenant je fais la meme chose sur mon PC tout fonctionne avec les packages suivants
dplyr_1.0.6 SeuratObject_4.0.2 Seurat_4.0.4 readr_2.1.0 Matrix_1.3-4
Merci de votre aide