Bonjour,
je souhaite utiliser l'outil Picard MarkDuplicates, mais lorsque je lance la commande:
srun java -jar picard.jar MarkDuplicates .... (dans un script)
j'ai l'erreur suivante:
Error: Unable to access jarfile picard.jar
srun: error: cpu-node-82: task 0: Exited with exit code 1
Pouvez-vous m'aider à résoudre ce problème?
Merci,
Anne
Bonjour Anne,
La commande picard est directement utilisable (un script transforme la commande picard ... en la commande java correspondante java -Xms512m -Xmx2g -jar picard.jar ...).
il suffit donc de faire quelque chose comme:
module load picard/2.23.5
srun picard MarkDuplicates --version
Bonne continuation
So grateful!!! Merci, ca à l'air de fonctionner. J'ai un statut "running" en tout cas et plus un "failed" instantanné. Merci beaucoup.
Anne