Bonjour,
J'essaye de lancer plusieurs alignements avec la commande srun -A monprojet -p long nextflow run nf-core/rnaseq -params-file params.json -profile ifb_core, mais la liste des jobs en partition fast de nf-NFCOR restent tous en statut pending pour la raison suivante (AssocGrpCPUMinutesLimit).
Pourriez-vous m'aider à contourner ce problème s'il-vous-plaît?
Merci d'avance,
Roseline
Bonjour Roseline,
Votre compte/projet par défaut est demo.
Sur l'IFB Core Cluster, lorsque vous lancer des traitements, il faut préciser le projet/compte à utiliser (ou alors indiquer quel est le compte par défaut).
Soit au moment de lancer le job, préciser avec l'option --account (srun -A my_account command par exemple)
Soit en indiquant le compte par défaut:
# par exemple dans votre cas, en exécutant:
sacctmgr update user $USER set defaultaccount=<votre projet>
En effet, actuellement, par défaut c'est le compte demo qui est utilisé (et ce compte est limité à 6 heures de calcul).
Plus d'infos avec la commande status_bars --help ou sur la documentation: Troubleshooting - IFB Core Cluster Documentation
Il faut donc annuler et relancer votre job avec le bon account.
Bonjour,
Je vous remercie pour votre réponse.
Cela semble en effet fonctionner en changeant le compte par défaut et en indiquant le compte à utiliser dans la commande srun.
Merci.