Bonjour,
Je tente d'exécuter Canu à l'aide du gpu en variant plusieurs paramètres:
#SBATCH --job-name=canu
#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --gres=gpu:1g.5gb:1
#SBATCH --account=clostridium_nanopore
#SBATCH --mem=40G
Je reçois la confirmation que le travail a été effectué et que les travaux associés ont été lancés:
JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON)
40164833_[1] fast meryl_40 vmesasch PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
40164831_[1] fast meryl_45 vmesasch PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit)
40164834 fast canu_409 vmesasch PD 0:00 1 (Dependency)
40164832 fast canu_456 vmesasch PD 0:00 1 (Dependency)
Mais il apparaît alors cette information qui bloque la continuité NODELIST: AssocGrpCPUMinutesLimit.
Merci pour vos conseils,
Bonjour,
Attention, au login, vous devez avoir l'info suivante:
/!\ Your current default is demo with limited resources.
A défaut de préciser le compte (--account=clostridium_nanopore) vous êtes limité sur les ressources (limite atteinte).
Ce qui est le cas des jobs indiqués (40164831, 40164832, 40164833, 40164834).
Changez votre "compte par défaut" (Troubleshooting - IFB Core Cluster Documentation) soit précisez toujours l'option --account.
Bonne soirée
1 « J'aime »
Bonjour,
Merci pour votre réponse et votre aide précieuse.
J'ai pu exécuter CANU correctement sur l'un des génomes en utilisant ces paramètres:
SBATCH --job-name=canu
#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --gres=gpu:3g.20gb:1
#SBATCH --account=clostridium_nanopore
#SBATCH --heure 24:00:00
Mais quand j'utilise tous les génomes (50) cela me donne l'erreur suivante :
-- BEGIN CORRECTION
--
-- OVERLAPPER (mhap) (correction) complete, not rewriting scripts.
--
--
-- Mhap overlap jobs failed, tried 2 times, giving up.
-- job correction/1-overlapper/results/000001.ovb FAILED.
-- job correction/1-overlapper/results/000003.ovb FAILED.
--
ABORT:
ABORT: canu branch HEAD +0 changes (r10117 5638f7d9a5379373310ab62c28aa0cdbd864722d)
ABORT: Don't panic, but a mostly harmless error occurred and Canu stopped.
ABORT: Try restarting. If that doesn't work, ask for help.
Savez-vous ce qui pourrait causer cette erreur ?
Merci!
Bonjour
L'option #SBATCH --heure n'existe pas... L'option --time oui.
Pour le reste, le job tourne et il n'y a pas d'erreur pour moi.
C'est pour moi lié à canu.
Avez-vous le fichier de log complet ?
Avez-vous regarder les erreurs de ce type signalés (par exemple :Mhap precompute jobs failed, tried 2 times, giving up. · Issue #1863 · marbl/canu · GitHub) ?
Pourquoi utiliser les GPU ? Sauf erreur de ma part canu n'utilise pas les GPU.
Bonjour David,
Désolée, j'ai eu des erreurs dans l'envoi du message, je confirme que les paramètres que j'ai utilisé sont les suivants, j'ai fait un test avec un seul génome et cela a bien fonctionné mais pas quand j'ajoute les 50 génomes que je dois traiter, cela ne fonctionne pas. J'ai vu cette erreur dans le forum Canu mais cela ne m'aide pas à résoudre le problème.
#SBATCH --job-name=canu
#SBATCH --account=clostridium_nanopore
#SBATCH --time 24:00:00
#SBATCH --mem-per-cpu=100GB
module load gcc/11.2.0
module load canu/2.1.1
canu.out.pdf (28,0 Ko)
Merci beaucoup pour votre aide,
Je pense que c'est lié à canu ou vos données mais cela dépasse malheureusement mes compétences.
Merci David pour votre réponse.
Est-ce qu'il est possible d'installer la dernière version de CANU v2.2 ?
C'est fait. Comme d'habitude:
module load canu/2.2