Problème avec conda?

IFB Core Cluster
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Bonjour, depuis 2j je n'arrive plus à utiliser conda avec ma pipeline snakemake. Rien n'a changé dans mes scripts mais depuis l'environnement conda ne s'active pas lorsque je lance la pipeline.

Voici le message d'erreur : /usr/bin/bash: gatk: command not found

L'environnement existe bien, les outils sont bien installés. La pipeline tournait bien il y a peu (meme environnement, outils). Cela fonctionne correctement en local

J'aimerais donc savoir s'il y a eu des changement récemment à ce niveau ?

Cordialement
Louis

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Bonjour,

Désolé pour le retour tardif. Je ne constate pas d'anomalie de mon côté.
Je vois bien vos environnements gatk, peut les charger et utiliser gatk.

Le cluster subit des évolutions constantes, principalement la migration d'OS en ce moment.
Mais je doute que cela provienne de là. La partie conda n'a pas vraiment bougé.

Avez-vous toujours le problème ?

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Bonjour,

J'ai fait autrement la dernière fois, je n'ai pas eu a retester pour l'instant. Je vous tiendrais au courant si j'ai toujours le problème

Cordialement