Problème avec la création du rapport qualimap bamqc

IFB Core Cluster Support IFB Core Cluster
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Bonjour @team.software
je viens d'utiliser qualimap 2.2.1b pour générer un rapport d'analyse pour un alignement bam et j'ai une erreur que je ne comprends pas
avec la commande suivante,
srun qualimap bamqc -bam minimap2/Mequi-13465.sort.bam -outfile Mequi-13465_aln14026.pdf -outformat PDF -outdir ./
il me sort l'erreur suivante
end of bam qc
Computing report...
Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Can't connect to X11 window server using 'localhost:17.0' as the value of the DISPLAY variable.

    at sun.awt.X11GraphicsEnvironment.initDisplay(Native Method)
    at sun.awt.X11GraphicsEnvironment.access$200(X11GraphicsEnvironment.java:65)
    at sun.awt.X11GraphicsEnvironment$1.run(X11GraphicsEnvironment.java:115)
    at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
    at sun.awt.X11GraphicsEnvironment.<clinit>(X11GraphicsEnvironment.java:74)
    at java.lang.Class.forName0(Native Method)
    at java.lang.Class.forName(Class.java:264)
    at java.awt.GraphicsEnvironment.createGE(GraphicsEnvironment.java:103)
    at java.awt.GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment(GraphicsEnvironment.java:82)
    at sun.awt.X11.XToolkit.<clinit>(XToolkit.java:126)
    at java.lang.Class.forName0(Native Method)
    at java.lang.Class.forName(Class.java:264)
    at java.awt.Toolkit$2.run(Toolkit.java:860)
    at java.awt.Toolkit$2.run(Toolkit.java:855)
    at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
    at java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit(Toolkit.java:854)
    at sun.swing.SwingUtilities2.getSystemMnemonicKeyMask(SwingUtilities2.java:2020)
    at javax.swing.plaf.basic.BasicLookAndFeel.initComponentDefaults(BasicLookAndFeel.java:1158)
    at javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel.initComponentDefaults(MetalLookAndFeel.java:431)
    at javax.swing.plaf.basic.BasicLookAndFeel.getDefaults(BasicLookAndFeel.java:148)
    at javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel.getDefaults(MetalLookAndFeel.java:1577)
    at javax.swing.UIManager.setLookAndFeel(UIManager.java:539)
    at javax.swing.UIManager.setLookAndFeel(UIManager.java:579)
    at javax.swing.UIManager.initializeDefaultLAF(UIManager.java:1349)
    at javax.swing.UIManager.initialize(UIManager.java:1459)
    at javax.swing.UIManager.maybeInitialize(UIManager.java:1426)
    at javax.swing.UIManager.getDefaults(UIManager.java:659)
    at javax.swing.UIManager.getColor(UIManager.java:701)
    at org.jfree.chart.JFreeChart.<clinit>(JFreeChart.java:258)
    at org.jfree.chart.ChartFactory.createXYLineChart(ChartFactory.java:1748)
    at org.bioinfo.ngs.qc.qualimap.beans.BamQCChart.render(BamQCChart.java:186)
    at org.bioinfo.ngs.qc.qualimap.beans.BamQCRegionReporter.computeChartsBuffers(BamQCRegionReporter.java:673)
    at org.bioinfo.ngs.qc.qualimap.main.BamQcTool.execute(BamQcTool.java:263)
    at org.bioinfo.ngs.qc.qualimap.main.NgsSmartTool.run(NgsSmartTool.java:190)
    at org.bioinfo.ngs.qc.qualimap.main.NgsSmartMain.main(NgsSmartMain.java:113)

Sauriez vous comment m'aider ?
j'ai tenter de charger un module java-jdk/8 mais ça n'aide pas ...
*

merci pour votre retour

Chloé

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Bonjour Chloé,

Le message d'erreur semble indiquer que le logiciel que vous utilisez souhaite afficher une interface graphique :

Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Can't connect to X11 window server using 'localhost:17.0' as the value of the DISPLAY variable.

Un serveur de fenêtre X11 est un composant du système d'exploitation permettant l'affichage d'interface graphique. Ce type d'usage n'est actuellement pas supporté par le core cluster de l'IFB.

La documentation de qualimap précise :

If you are using Qualimap on Unix server without X11 system, make sure that the DISPLAY environment variable is unset. Otherwise this might result in problems when running Qualimap. Here is an instruction how to solve this issue.

Il est conseillé de désactiver la variable d'environnement DISPLAY pour indiquer à qualimap de ne pas tenter de charger son interface graphique.

Vous pouvez désactiver cette variable à l'aide de la commande suivante :

unset DISPLAY

avant de lancer votre analyse.

Julien

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oula la la, merci beaucoup :smile:
ça marche beaucoup mieux effectivement comme ça.
merci pour le retour éclairé et argumenté

Chloé