Bonjour,
Je me permet de relancer ce sujet car mon nouveau problème semble très similaire. Cette fois-ci, j'essaye d'installer l'outil Annotator.
Suite à un simple git clone, je me suis retrouvé avec un fichier python setup.py, et j'ai lancé l'installation de l'outil avec un
pip install .
et l'outil était détecté par le cluster à partir de la.
Néanmoins, les seules commandes que je pouvais utilisées étaient "install_cluster" et "install_local". La première me renvoyait une erreur à base de fichiers d'installations déja présents et qu'il faut les retirer pour continuer (je suis navré de ne pas pouvoir vous montrer les retours exacts, je ne les ai plus sous la main). Cette erreur venait du fait que certains fichiers ne s'étaient pas générés dans le dossier site-packages de mon utilisateur, où l'installation s'est faite.
J'ai pu corriger cette erreur moi-même directement en copiant les fichiers. Mais maintenant je me retrouve avec le même soucis que ma collègue au dessus : "No module named Annotator".
Mes fichiers et mon script bash se trouvent au chemin suivant :
/shared/home/pvendloczki/annotation_fijiensism2/FIJIENSIS_ANNOTAOTR/Annotator
et voici l'erreur exacte :
(base) [pvendloczki@core-login2 Annotator]$ sh annotator.sh
/shared/ifbstor1/projects/annotation_fijiensism2/miniconda/lib/python3.9/site-packages/annotator
Welcome to Annotator version: 1.0.0 ! Created on November 2019
@author: Florian Charriat (INRAE), Sebastien Ravel (CIRAD), ,
@email: florian.charriat@inrae.fr; sebastien.ravel@cirad.fr
Please cite our github https://ANNOTATOR-pipeline.readthedocs.io/en/latest/
Licencied under CeCill-C (CeCILL-C FREE SOFTWARE LICENSE AGREEMENT)
and GPLv3 Intellectual property belongs to INRAE, CIRAD and authors.
Documentation avail at: https://ANNOTATOR-pipeline.readthedocs.io/en/latest/
** ENABLE TO GET LAST VERSION, check internet connection
HTTP Error 404: Not Found
Profile file: /shared/ifbstor1/projects/annotation_fijiensism2/miniconda/lib/python3.9/site-packages/annotator/default_profile
Config file: /shared/ifbstor1/projects/annotation_fijiensism2/FIJIENSIS_ANNOTAOTR/Annotator/annotator/Additional_files/config.yaml
Cluster config file load: /shared/ifbstor1/projects/annotation_fijiensism2/miniconda/lib/python3.9/site-packages/annotator/default_profile/cluster_config.yaml
snakemake --show-failed-logs -p -s /shared/ifbstor1/projects/annotation_fijiensism2/miniconda/lib/python3.9/site-packages/annotator/Snakefile --configfile /shared/ifbstor1/projects/annotation_fijiensism2/FIJIENSIS_ANNOTAOTR/Annotator/annotator/Additional_files/config.yaml --profile /shared/ifbstor1/projects/annotation_fijiensism2/miniconda/lib/python3.9/site-packages/annotator/default_profile --cluster-config /shared/ifbstor1/projects/annotation_fijiensism2/miniconda/lib/python3.9/site-packages/annotator/default_profile/cluster_config.yaml --keep-incomplete --use-envmodules --rerun-incomplete
ModuleNotFoundError in file /shared/ifbstor1/projects/annotation_fijiensism2/miniconda/lib/python3.9/site-packages/annotator/Snakefile, line 5:
No module named 'annotator'
File "/shared/ifbstor1/projects/annotation_fijiensism2/miniconda/lib/python3.9/site-packages/annotator/Snakefile", line 5, in
Nous n'avons pas trouvé de solution pour notre soucis précédents, mais comme l'outil fonctionnait sur certains utilisateurs et pas celui de ma collegue, nous nous sommes arrangés entre nous, hélas cette fois-ci l'outil ne fonctionne tout simplement pas..
J'espere que vous pourrez m'indiquer une piste à creuser.
Je vous remercie de votre attention et pour votre travail.
Bonne journée !