Probleme avec nf-core rnaseq

Support scientifique et technique Nextflow
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Bonjour,
J'obtiens des erreurs de façon aléatoire en utilisant nf-core/rnaseq : ce script qui fonctionnait très bien en Octobre ne plante jamais au même endroit ni pour le même échantillon.

#!/bin/bash
#
#SBATCH -A my_project
#SBATCH -o nfcore-rnaseq_star.%N.%j.out
#SBATCH -e nfcore-rnaseq_star.%N.%j.err
#
#SBATCH --partition long

## Load Nextflow and Singularity environment modules
module purge
module load nextflow
module load singularity
module load openjdk

srun nextflow run nf-core/rnaseq -profile ifb_core --input /shared/projects/my_project/db/samplesheet.csv \
    --fasta /shared/projects/my_project/db/genome.fa \
    --gtf /shared/projects/my_project/db/genome.gtf \
    --save_reference --outdir /shared/projects/my_project/outdir -resume

Dernière erreur en date je reçois une erreur 151:

ERROR ~ Error executing process > 'NFCORE_RNASEQ:RNASEQ:FASTQ_FASTQC_UMITOOLS_TRIMGALORE:FASTQC (19_Au1aKO8-1)'

Caused by:
  Process `NFCORE_RNASEQ:RNASEQ:FASTQ_FASTQC_UMITOOLS_TRIMGALORE:FASTQC (19_Au1aKO8-1)` terminated with an error exit status (151)

Command executed:

  printf "%s %s\n" 19_Au1aKO8-1_1.fq.gz 19_Au1aKO8-1_1.gz 19_Au1aKO8-1_2.fq.gz 19_Au1aKO8-1_2.gz | while read old_name new_name; do
      [ -f "${new_name}" ] || ln -s $old_name $new_name
  done
  fastqc --quiet --threads 6 19_Au1aKO8-1_1.gz 19_Au1aKO8-1_2.gz
  
  cat <<-END_VERSIONS > versions.yml
  "NFCORE_RNASEQ:RNASEQ:FASTQ_FASTQC_UMITOOLS_TRIMGALORE:FASTQC":
      fastqc: $( fastqc --version | sed -e "s/FastQC v//g" )
  END_VERSIONS

Command exit status:
  151

Command output:
  (empty)

Command error:
  WARNING: Skipping mount /usr/local/var/singularity/mnt/session/etc/resolv.conf [files]: /etc/resolv.conf doesn't exist in container

Est-ce que vous pouvez m'aider?
En vous remerciant,
emilie

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Bonjour Émilie,
Je recommande d'utiliser -r avec la version que tu utilisais en Octobre dans ta commande nextflow run pour être sur d'utiliser la même version du pipeline.
Après le WARNING me fait penser à un soucis de configuration de Singularity.
Si je me souviens bien depuis Octobre, la façon de gérer Singularity a changé par défaut dans les pipelines nf-core, et c'est possible qu'il soit nécessaire de mettre des choses à jour niveau IFB.

4

Bonjour et merci beaucoup pour votre réponse,
Malheureusement c'est la même version du pipeline que j'utilisais en Octobre. J'ai relancé le calcul et je renverrais le prochain message d'erreur si ça plante encore.
Bonne journée,
emilie

5

Bonjour,
J'ai relancé le pipeline et ça a fini par planter un peu plus loin mais toujours avec le même code erreur:

ERROR ~ Error executing process > 'NFCORE_RNASEQ:RNASEQ:SUBREAD_FEATURECOUNTS (0.5_Au1aKO8-3)'

Caused by:
  Process `NFCORE_RNASEQ:RNASEQ:SUBREAD_FEATURECOUNTS (0.5_Au1aKO8-3)` terminated with an error exit status (151)

On dirait qu'il y a seulement un ou quelques noeuds qui plantent car pour les autres échantillons / steps je n'ai pas de problème.
Comment peut-on identifier le noeud sur lequel le process tourne et ne pas l'utiliser lorsqu'on relance le calcul?
En vous remerciant,
emilie

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Ok, je suis désolé, j'ai aucune idée de comment fonctionne le cluster de l'IFB.
peut-être @team.ifbcorecluster peut aider à identifier le soucis.

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Bonjour @evillar ,

Est-ce toujours la même "command error" concernant Singularity ou avez-vous des erreurs différentes ?
D'après vos jobs de la semaine, le problème ne semble pas localisé sur un nœud en particulier...

Cordialement,

Julien

8

Bonjour,
J'ai demandé une rallonge d'espace et les derniers calculs que j'ai lancé ont tourné sans problème donc je suppose que c'était ça finalement.
Désolée du dérangement et merci beaucoup pour votre aide,
Emilie

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