Je rencontre plusieurs problèmes dont j'imagine qu'ils sont liés:
1- Sur le rstudio de jupytherhub, je n'arrive plus à installer des librairies.
Je reçois ce genre de message d'erreur:
restoring previous ‘/shared/home/llaplane/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.2/sctransform’
Warning in install.packages :
installation of package ‘sctransform’ had non-zero exit status
J'avais déjà eu ce problème et cela avait été résolu en redémarrant r. Mais là, le problème persiste.
2- Je n'arrive plus à me connecter directement sur rstudio.cluster, comme si mon mot de passe n'était plus correct (pourtant je suis toujours connectée sur jupyterhub)
3- Je viens de tenter de me connecter via le terminal et je n'y arrive pas non plus. Je reçois: Permission denied, please try again
4- J'ai reçu un mail il y a quelque jour de l'IFB m'indiquant que j'étais désabonné, ce que je ne m'explique pas
Merci beaucoup pour la réactivation du compte. Je ne me souviens pas d'avoir reçu un mail à ce sujet, j'ai du le jeter par mégarde ou oublier de le traiter. Merci.
Par contre ça n'a pas résolu mes problèmes sur jupyterhub. Si je fais library(Seurat) sur le Rstudio directement, pas de soucis. Si je tente depuis le Rstudio de jupyter hub, j'obtiens:
Loading required package: SeuratObject
Loading required package: sp
Attaching package: ‘SeuratObject’
The following object is masked from ‘package:base’:
intersect
Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
namespace ‘htmltools’ 0.5.6 is already loaded, but >= 0.5.7 is required
Si j'essaie de mettre à jour htmltools (ou n'importe quel autre package), j'obtiens d'abord un message qui me dit que le package est déjà loadé. Je ne suis pas sûre de comprendre pourquoi puisque je vidé mon environnement. Mais je clique donc sur redémarrer R. Là j'obtiens:
Restarting R session...
> install.packages("htmltools")
Error in install.packages : Updating loaded packages
Et je tourne en rond. Du coup j'ai tenté l'update sans redémarrer. Et là j'obtiens ce message d'erreur:
Installing package into ‘/shared/home/llaplane/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.2’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/htmltools_0.5.7.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 134681 bytes (131 KB)
==================================================
downloaded 131 KB
* installing *source* package ‘htmltools’ ...
** package ‘htmltools’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** libs
x86_64-conda-linux-gnu-cc -I"/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.2.3/lib/R/include" -DNDEBUG -DNDEBUG -D_FORTIFY_SOURCE=2 -O2 -isystem /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.2.3/include -I/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.2.3/include -Wl,-rpath-link,/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.2.3/lib -fpic -march=nocona -mtune=haswell -ftree-vectorize -fPIC -fstack-protector-strong -fno-plt -O2 -ffunction-sections -pipe -isystem /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.2.3/include -fdebug-prefix-map=/home/conda/feedstock_root/build_artifacts/r-base-split_1678912227145/work=/usr/local/src/conda/r-base-4.2.3 -fdebug-prefix-map=/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.2.3=/usr/local/src/conda-prefix -c init.c -o init.o
/bin/sh: 1: x86_64-conda-linux-gnu-cc: not found
make: *** [/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.2.3/lib/R/etc/Makeconf:171: init.o] Error 127
ERROR: compilation failed for package ‘htmltools’
* removing ‘/shared/home/llaplane/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.2/htmltools’
* restoring previous ‘/shared/home/llaplane/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.2/htmltools’
Warning in install.packages :
installation of package ‘htmltools’ had non-zero exit status
The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpxwESdF/downloaded_packages’
J'ai essayé de redémarrer R, de quitter ma session, de me déconnecter puis reconnecter. Je suis à cours d'idée...
Merci pour votre aide
L
Je ne reproduis pas l'erreur... difficile de vous aider.
J'ai l'impression que votre environnement n'est pas bon ( x86_64-conda-linux-gnu-cc: not found).
Vous indiquer avoir "vidé mon environnement", qu'avez vous fait ?
Merci. J'ai suivi les consignes en clique-bouton (Kill your job/session using the web interface (Menu "File" --> "Hub Control Panel" --> "Stop server") puisque je ne sais pas où mettre les lignes de commande dans le Rstudio de jupyter. Ca n'a rien changer. Je ne peux toujours pas ouvrir la librairie seurat. Je ne peux toujours pas mettre à jour quoi que ce soit. Je tombe toujours sur la même erreur
Installing package into ‘/shared/home/llaplane/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.2’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/htmltools_0.5.7.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 134681 bytes (131 KB)
restoring previous ‘/shared/home/llaplane/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.2/htmltools’
Warning in install.packages :
installation of package ‘htmltools’ had non-zero exit status
The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmppdsutp/downloaded_packages’
Je suis un peu désespérée, ou désemparée en tout cas.
Qu'est-ce qui pourrait expliquer que library(Seurat) fonctionne sur Rstudio mais pas sur le Rstudio de Jupyterhub? Et que je peux installer et mettre à jour des package sur Rstudio mais pas sur le Rstudio de Jupyterhub?
Est-il possible que ce soit lié au passage à la version R 4.2.3? Je vois que le Rstudio lui utilise toujours R v4.1.1.
Si c'est le cas, est-ce que ça indique des solutions à mettre en place du côté de Jupyterhub?
En effet, c'est fortement probable.
Il y a des différences de packages (principalement de version) installés (c'est inhérent à R, pas à l'IFB).
Aussi, l'installation de paquets R se fait pour une version en particulière.
Si vous changer de version, il faut réinstaller ces packages.
Ce qui peut mener à des différences d'environnement.
Je me suis permis d'installer Seurat sur la version 4.2.3 dans votre environnement comme suit:
$ module load r/4.2.3
$ R
> install.packages("Seurat")
namespace ‘htmltools’ 0.5.6 is already loaded, but >= 0.5.7 is required
> install.packages("htmltools")
> install.packages("Seurat")
namespace ‘sctransform’ 0.4.0 is being loaded, but >= 0.4.1 is required
> install.packages("Seurat")
* DONE (Seurat)
> packageVersion("Seurat")
[1] ‘5.0.1’
Le package Seurat devrait être maintenant fonctionnel pour R 4.2.3.