Bonjour, il m'est impossible de créer les EICs lors du Diffreport. Si je ne demande pas les EIC, le Diff-report est bien généré sans message d'erreur. J'ai au moins 5 échantillons dans chaque groupe.
Suite du sujet Probleme creation EIC Camera :
Bonjour, non seulement la création d'EIC ne fonctionnait pas, mais maintenant, il m'est impossible de faire le Diffreport, ce qui fonctionnait auparavant lorsque je ne demandais pas la création des EICs
Bonjour Yann, c'est fait. Bonne journée et merci. Murielle
Bonjour
J'ai lancé qq tests de mon côté pour les EICs. Je reviens vers vous au plus vite
Yann
Bonjour, ça marche, un grand merci. Murielle
Bonjour
Il semble qu'il y ait des "NA" restant malgré le fillpeaks cf ci-dessous (l'option mettre à 0 les NA n'est appliquée qu'à la dataMatrix et pas à l'objet Rdata utilisé par CAMERA pour faire le plot EIC cf [camera_annotate] Error in EIC generation · Issue #154 · workflow4metabolomics/tools-metabolomics · GitHub)
Je n'ai a ce stade pas de solution car il s'agit d'un "problème" de CAMERA pas de Galaxy W4M
Je continue mes recherches
Yann
Bonjour,
Merci Yann pour ces investigations.
Si le problème vient des NA, une solution possible peut être d'enchainer plusieurs fillpeaks pour ne plus avoir de NA. En fait, fillChromPeaks peut être lancé plusieurs fois d'affilé (chaque fillpeaks prenant en entrée le résultat du fillpeaks précédant), en élargissant progressivement les paramètres du module. En théorie, on finit par obtenir une matrice sans NA (sans pour autant avoir non plus mis n'importe quoi dans les NA autant que possible).
Après, je n'utilise pas les EIC de CAMERA donc je ne peux pas affirmer catégoriquement que ça règle le soucis, mais en théorie ça devrait au moins permettre d'obtenir les sorties graphiques j'imagine.