Bonjour,
Ayant récemment voulu utiliser l'outil purityX après un WorkFlow XCMS, j'obtiens systématiquement l'erreur suivante:
Error in print(xset@filepaths) :
no slot of name "filepaths" for this object of class "XCMSnExp"
Execution halted
Il semblerait que les nouveaux objets XCMS ne soit plus compatible avec la structure des entrées de cette version de purityX.
Bonjour @Quentin_Ruin
Le problème ne semble pas venir de usegalaxy.fr mais bien du wrapper msPurityX. PurityX est fait pour des données de type FIA-MS/MS, l'outil purityA est lui destiné aux données LC-MS/MS. Peut-être est-ce une première piste. Si vous pouvez faire remonter votre problème aux développeurs via une issue Issues · computational-metabolomics/mspurity-galaxy · GitHub vous pourrez détailler votre workflow.
Bonne journée
Yann
Yann
En effet! Après quelques investigations nous avons proposé une solution sur le Github de mspurity-galaxy et sommes en attente de voir si cela résoudra le problème de compatibilité avec la dernière version de XCMS. Il y a également un problème d'allocation de mémoire trop faible pour cet outil, qui a fait l'objet d'une autre demande: Problème de mémoire pour l'outil purityX
Bonne journée
Quentin