Problème de connexion Rstudio

IFB Core Cluster Gestion de comptes et de projets
1

Bonjour,
Depuis lundi, je n'arrive plus à me connecter à Rstudio (connexion puis page blanche sans fenêtre d'attente proposer de terminer la session comme ça peut être le cas parfois).
Je n'ai pas l'impression de dépasser les quota de stockage.
Je vous remercie par avance de votre aide,
Marine

2

Bonjour Marine,

Le serveur RStudio historique ainsi que le portail JupyterHub seront définitivement arrêtés après le 15 mars 2024.

Je vous invite dès aujourd'hui à utiliser RStudio ou JupyterLab au travers du partir du portail Open Ondemand: https://ondemand.cluster.france-bioinformatique.fr

Présentation: https://www.france-bioinformatique.fr/a-propos-de-open-ondemand/
Documentation: About Open OnDemand - IFB Core Cluster Documentation

Ce portail nous apporte beaucoup de bénéfices:

  • vous pouvez choisir la version R !
  • vous pouvez demander la quantité de ressources nécessaire (et bien plus de ressources que l'ancien serveur RStudio)
  • les ressources allouées vous sont dédiées ! Aucune lenteur ni crash dû à un autre utilisateur
  • une gestion simple des fichiers et des tâches via une interface web
  • etc.

PS: nous avons dû redémarrer le serveur RStudio pour résoudre les problèmes de connexion. Cela fonctionne à nouveau mais que jusqu'au 15 mars.

Bonne journée

3

Bonjour,
Je vous remercie.
J'ai testé ondemand, le problème est que je peux visualiser mes dossiers sur l'interface, ouvrir l'app rstudio mais je n'arrive pas à accéder aux fichiers de mon projet ith depuis Rstudio pour travailler correctement.
Comment procéder ?
Je vous remercie,
Marine

4

je ne suis pas sûr de comprendre le problème, il suffit de se rendre dans votre dossier depuis l'interface de RStudio:

image
image777×391 37.2 KB

5

Effectivement ca fonctionne, tout à l'heure mon dossier ith était vide.
Merci beaucoup,
Marine

6

Bonjour,

J'ai également un problème lorsque je veux ouvrir RStudio via OnDemand (page blanche)..

Je vous remercie par avance pour votre aide.
Marie.

7

Bonjour @mkervella

Votre job sature en mémoire (et est donc tué).
Il faut donc demader plus de mémoire, soit effacer les fichiers de sessions en cours: https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/troubleshooting/#rstudio-timeout-or-do-not-start

PS: Merci d'ouvrir un nouveau sujet pour toute nouvelle demande (cela facilite le suivi des demandes/incidents).